Science | Observation Island

cBioPortal を使ってみた〜遺伝子変異を表示してみた

Posted on 2020年9月20日 by Oshima / 0件のコメント

cBioPortalとは何か cBioPortal for Cancer Genomicsとは何か、という問いについてはオリジナルのサイトをみていただくのが速いのでしょう。公開された遺伝子関連情報（変異情報、遺伝子発現情...

Posted on 2020年5月23日 by Oshima / 1件のコメント

ゲノム配列を見てみました COVID19の原因ウイルスであるSARS-Cov-2のゲノム配列が公開されているのでとりあえず眺めてみました。こういうのは、ちょっと遺伝子を扱う研究的なことをやったことのある人にとっては、元フ...

Posted on 2020年4月11日 by Oshima / 1件のコメント

シミュレーション動画新型コロナウイルス肺炎COVID-19原因ウイルスのSARS-CoV-2がヒト細胞に侵入する際に結合すると考えられているヒト細胞側のタンパク質（受容体）はACE2です。このACE２とウイルス側の結合...

Posted on 2020年3月27日 by Oshima / 0件のコメント

～悟りを与えるのは答えではなく質問である～ユージン・イヨネスコ新しい知識は答えのある質問をしたことから生まれます。まだ解決されていない重要な問題に対して新しい有用な答えを見つけるためには、その問題について多くのことを知...

Posted on 2020年3月11日 by Oshima / 0件のコメント

CDC(Centers for Disease Control and Prevention) 最近安倍総理大臣もこの言葉を覚えた模様で「日本版CDC」をというような使い方がなされています。業界の人にとっては、ガイドライ...

Posted on 2020年2月16日 by Oshima / 3件のコメント

COVID-19の原因ウイルスであるSARS-CoV-2のMproというタンパク質の構造がPDBに公開されていました。エントリは6LU7。PDBの解説の書き方からすると、このウイルスのタンパク質で他にも構造が決定されてい...

Posted on 2019年2月3日 by Oshima / 0件のコメント

はじめにこの解析方法を試しはじめてしばらく時間が経過しました。その間に、Rのパッケージが開発されていまして、一見するとかなり便利そうに見えます。とりあえず、ご多分に漏れず、このパッケージを利用して、過去にやった方法や論...

Posted on 2019年1月26日 by Oshima / 2件のコメント

耐性ウイルス新規インフルエンザ治療薬に耐性を持つというウイルスが、その新規治療薬を使用した患者さんから検出されたという事で、2018.1.25にニュースが流れました。その治療薬は、キャップ依存性エンドヌクレアーゼ (c...

Posted on 2018年9月15日 by Oshima / 3件のコメント

アップデートを別ページに掲載しました臨床研究法臨床研究法関連で気になる話題を書いてみました。観察研究は臨床研究法の対象外このホームページのobservation islandの名前の通り「観察研究」が興味の対象で...

Posted on 2018年8月26日 by Oshima / 2件のコメント

はじめに本稿はRのパッケージでdeep learningができると聞いて、ネットで調べながら、パッケージを使う道筋をつけるまでの、忘備録です。サンプルにしたのは、「A薬」で検索した結果と「B薬」で検索した結果を、テキス...