self-controlled case series (SCCS) – (3)

はじめに

Self-controlled case series (SCCS) の解析方法を試しはじめてしばらく時間が経過しました。その間に、このSCCSを計算するためのRのパッケージが開発されていまして、一見したところ便利そうです。とりあえず、ご多分に漏れず、このパッケージを利用して、過去にやった方法や論文¹と同じ結果が得られるのか試してみました。

まずはインストール

install("SCCS")

適切なサーバーを選択してインストールが完了するのを待ちます。

読み込みます

library("SCCS")

オックスフォード伯爵のマーチ

以前Observation Islandで試したoxfordデータが，このパッケージではamdatという名前で含まれています。どんな内容か確認してみます。

amdat
   case sta end  am mmr
1     1 366 730 398 458
2     2 366 730 399 750
3     3 366 730 413 392
4     4 366 730 449 429
5     5 366 730 455 433
6     6 366 730 472 432
7     7 366 730 474 395
8     8 366 730 485 470
9     9 366 730 524 496
10   10 366 730 700 428

以前使用したoxfordデータは次の通りです

良く似ているけど微妙に調整が必要そうです

観察の開始日

前回試したoxfordデータでは開始日が365でした。このパッケージのamdatでは366に。うるう年にかかってしまったかな？などと思うのも良いのですが、とりあえず同じデータで開始したいので、試行する間はパラメータを投入する際にこの部分を前回と同じになるように調整。具体的にはスクリプトでパラメータを与える際に、

astart=sta

と与えるべきところを

astart=sta-1

にして調整しました。

症例２のMMR接種日が前回と違う

前回試したoxfordデータでは症例10の接種日は716日目だったのが、今回パッケージ附属のamdatでは同じ症例が「症例２」になっていて，接種日が750日目になっていました。とりあえずここも、前回に合わせておきたいので

amdat[2,5] <- 716

とやります。なんだか、細かい質の部分に齟齬が残っているな。

スクリプト

上記2点の調整を含むスクリプトは次のようになります。

library("SCCS")

amdat[2,5] <- 716
am.mod2 <- standardsccs(event~mmr+age, indiv=case, astart=sta-1,
aend=end, aevent=am, adrug=mmr, aedrug=mmr+35,
expogrp=15, agegrp=547, data=amdat)
am.mod2

実行結果

解りにくいかもしれませんが、mmrのオッズ比が12.037 (95%CI, 3.00226, 48.259)となりました。

次に示すのが論文で掲載された結果です。今回の集計結果と論文の結果で、小数点以下2桁くらいまでは一致しています。誤差範囲と考えられますので、今回試したRのSCCSパッケージが思ったように機能することが確認できました。投入する前のデータさえきちんとしていたら、使えそうだという印象を持ちました。

reference