オミクロン株 omicron (o) variant (B.1.1.529)

はじめに

2021.11.26 WHOがCOVID-19の原因ウイルスであるSARS-CoV-2の新規の変異(B.1.1.529)を評価するために、アドバイザリーグループThe Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution (TAG-VE))を開催しました。

南アフリカの最近の感染拡大と、B.1.1.529の検出の増加がcoinciding (一致している?)していて、予備的な検証ではこのバリアントによる再感染のリスクが高いことが示唆されているそうです。

現在のSARS-CoV-2PCR診断では、引き続きこの変異体が検出されます。いくつかの研究室で、広く使用されている1つのPCRテストでは、3つのターゲット遺伝子の1つが検出されない(S遺伝子ドロップアウトまたはS遺伝子ターゲット障害と呼ばれる)ため、シーケンスの確認が完了するまで、このテストをこのバリアントのマーカーとして使用できることが示されています。このアプローチを使用すると、このバリアントは以前の感染の急増よりも速い速度で検出されており、このバリアントが感染拡大にアドバンテージを持っている可能性があることを示唆しています。

アルファベット順で ν(ニュー)とξ(クサイ)をスキップしてのο(オミクロン)だそうです。習という中国で多い名前や英語の単語のnewを避けるためだそうです。

> avoid confusion with the English word “new” and the common Chinese surname Xi

変異が多い

B.1.1.529は多くの変異を示します。(下図はwiki pediaから)多くの箇所に変異が検出されます。

spike蛋白のアミノ酸残基にかかる変異だけでも以下のものが含まれるそうです。

A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

 

どう、料理したら良いかなぁ

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