Statistical Code for Clinical Research Papers in a High-Impact Specialist Medical Journal

インパクトの大きな医学研究で使用した統計ソフトのコードを公開するべきだという論評

Assel M, Vickers AJ. Statistical Code for Clinical Research Papers in a High-Impact Specialist Medical Journal. Ann Intern Med. 2018;168:832–833. doi: 10.7326/M17-2863

＜原文は自前のデータを提示してはいますが、ほぼ、思うところを述べている論評です＞

1.      定量的医学研究・分析の中核となるはずのコーディングを教える教育プログラムが少ない、としているが、あるのか日本には？　（医者でちょっと深くやろうとすると、システムエンジニアや数理統計学者の真似みたいなことに向かおうとするような人もいる。自分のサイロに閉じこもって医学研究と言う当初の目的から離れていったりしていないかい？）

First, software practices and principles should become a core part of biostatistics curricula, regardless of the degree (under- or postgraduate) or subject (biostatistics, public health, or epidemiology). Given that students will have to write code when they perform analyses as practicing investigators, we question why so few degree programs in quantitative medical science teach good coding practice.

2.      教室内で、統計解析のコードをピアレビューすべきだというが、教室内にいるのかな自分以外でコードがわかる人が？　仮にいたとして、他人の書いたプログラムを読むのはかなり厳しい。それより、ダブルプログラミングして答え合わせする方が現実的。

Second, statistical code should undergo intramural peer review. Colleagues should routinely share code to receive constructive criticism just as they share drafts of scientific papers.

3.      自分自身が「エレガント」だと思うような綺麗なコードは、おそらく他人から見て意味不明で、何でこれで正しい答えが出るのが不思議なやつになっている（と思う）。若干冗長でも、何をやっているのか解りやすいほうが後日のデバックや学習用には向いている。

Finally, code associated with published research should be archived. Doing so would not only improve transparency and reproducibility but also help to ensure that investigators write better-quality code…. We believe well-written code has more than cosmetic value and that dirty code may lead to scientific errors.

「We urge the medical research community to take immediate remedial action」：自分では他の人ができないようなことができるから、他人より一歩前に出ているという認識があって、皆ができるようになると「なぁーんだ」てな感じで埋もれてしまいそうだから、実は現状がちょうど良いというような気もしなくない。

# ちなみに、この論評で推進を論じているcode share、「格安航空会社のホームページでチケットを予約したのに、空港で待っていたのは国内大手の機材だった」感じです。