Rをアップデートした際にBioconductorをインストールしようとして、エラーが出ました。R version 4.0にインストールできないといわれたのかと思いました。よく見返してみるとBiocManagerとするべきところをBioManager（存在しないパッケージ名）とミスタイプしていました。正しくスペルすると普通に最新バージョンを入れることができました。
BiocManager, Bioconductor のアップデート
Bioconductorをアップデートしようとしたのですが、現時点の最新バージョン3.11は、Rのバージョンがちょこっと古くてインストールできません。そこで、3.10を入れることにしました。以下はその時のログで、エラーではじかれるところも含めて掲載です。（winのディレクトリ名だけ変更しています）
[Workspace loaded from ~/.RData]
> library(BiocManager)
Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.10), ?BiocManager::install for help
Bioconductor version ‘3.9’ is out-of-date; the current release version ‘3.11’
is available with R version ‘4.0’; see https://bioconductor.org/install
警告メッセージ:
パッケージ ‘BiocManager’ はバージョン 3.6.3 の R の下で造られました
> BiocManager::install(version = “3.11”)
エラー: Bioconductor version ‘3.11’ requires R version ‘4.0’; see
https://bioconductor.org/install
> BiocManager::install(version = “3.10”)
Upgrade 195 packages to Bioconductor version ‘3.10’? [y/n]:
y
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installing package(s) ‘BiocVersion’
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/BiocVersion_3.10.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 8903 bytes
downloaded 8903 bytes
package ‘BiocVersion’ successfully unpacked and MD5 sums checked
unpackPkgZip(foundpkgs[okp, 2L], foundpkgs[okp, 1L], lib, libs_only, でエラー:
ERROR: failed to lock directory ‘C:\Users\my_username\Documents\R\win-library\3.6’ for modifying
Try removing ‘C:\Users\my_username\Documents\R\win-library\3.6/00LOCK’
追加情報: 警告メッセージ:
1: readChar(…) で:
UTF-8 以外のマルチバイトロケールではバイト型でのみ読み込み可能です
2: readChar(…) で:
UTF-8 以外のマルチバイトロケールではバイト型でのみ読み込み可能です
3: readChar(…) で:
UTF-8 以外のマルチバイトロケールではバイト型でのみ読み込み可能です
4: readChar(…) で:
UTF-8 以外のマルチバイトロケールではバイト型でのみ読み込み可能です
5: readChar(…) で:
UTF-8 以外のマルチバイトロケールではバイト型でのみ読み込み可能です
> BiocManager::install(version = “3.10”)
Upgrade 195 packages to Bioconductor version ‘3.10’? [y/n]:
y
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installing package(s) ‘BiocVersion’
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/BiocVersion_3.10.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 8903 bytes
downloaded 8903 bytes
package ‘BiocVersion’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\my_username\AppData\Local\Temp\RtmpQhgRhw\downloaded_packages
Installing package(s) ‘wordcloud2’, ‘annotate’, ‘AnnotationDbi’, ‘backports’,
‘BH’, ‘Biobase’, ‘BiocGenerics’, ‘BiocParallel’, ‘BiocVersion’, ‘bit’,
‘blob’, ‘broom’, ‘Cairo’, ‘callr’, ‘car’, ‘carData’, ‘caTools’, ‘checkmate’,
‘classInt’, ‘cli’, ‘covr’, ‘crosstalk’, ‘curl’, ‘data.table’, ‘DBI’,
‘dbplyr’, ‘DelayedArray’, ‘DESeq2’, ‘devtools’, ‘DiagrammeR’, ‘digest’,
‘dplyr’, ‘drat’, ‘DT’, ‘edgeR’, ‘ellipsis’, ‘epiR’, ‘fansi’, ‘farver’,
‘fitdistrplus’, ‘forcats’, ‘foreach’, ‘forecast’, ‘fracdiff’, ‘fs’, ‘gargle’,
‘genefilter’, ‘geneplotter’, ‘GenomeInfoDb’, ‘GenomeInfoDbData’,
‘GenomicRanges’, ‘GEOmetadb’, ‘GEOquery’, ‘ggplot2’, ‘ggpubr’, ‘ggrepel’,
‘gh’, ‘git2r’, ‘glue’, ‘GO.db’, ‘googleAuthR’, ‘googledrive’,
‘googlesheets4’, ‘gplots’, ‘gtools’, ‘h2o’, ‘haven’, ‘Heatplus’, ‘hexbin’,
‘Hmisc’, ‘hms’, ‘htmlTable’, ‘htmltools’, ‘httpuv’, ‘igraph’, ‘imager’,
‘IRanges’, ‘ISOcodes’, ‘jomo’, ‘jsonlite’, ‘knitr’, ‘labelled’, ‘lamW’,
‘later’, ‘latticeExtra’, ‘LBE’, ‘lifecycle’, ‘limma’, ‘lme4’, ‘lmerTest’,
‘locfit’, ‘lubridate’, ‘maptools’, ‘matrixStats’, ‘mcmc’, ‘MCMCpack’,
‘MetaIntegrator’, ‘mice’, ‘mime’, ‘modelr’, ‘modeltools’, ‘multtest’,
‘mvtnorm’, ‘nloptr’, ‘openxlsx’, ‘ordinal’, ‘org.Hs.eg.db’, ‘pbkrtest’,
‘pillar’, ‘pkgbuild’, ‘pkgload’, ‘plotly’, ‘plyr’, ‘pracma’,
‘preprocessCore’, ‘prettyunits’, ‘pROC’, ‘processx’, ‘promises’, ‘ps’,
‘purrr’, ‘quantmod’, ‘quantreg’, ‘R.methodsS3’, ‘raster’, ‘Rcpp’,
‘RcppArmadillo’, ‘RcppEigen’, ‘RcppParallel’, ‘RcppProgress’, ‘RCurl’,
‘rematch2’, ‘remotes’, ‘reshape2’, ‘rex’, ‘rgdal’, ‘rgexf’, ‘rgl’, ‘rlang’,
‘rmarkdown’, ‘RMySQL’, ‘ROCit’, ‘ROCR’, ‘roxygen2’, ‘RSpectra’, ‘RSQLite’,
‘rstudioapi’, ‘rversions’, ‘S4Vectors’, ‘scales’, ‘selectr’, ‘seqminer’,
‘SeqNet’, ‘sf’, ‘shiny’, ‘SKAT’, ‘slam’, ‘sn’, ‘sp’, ‘SparseM’, ‘spatstat’,
‘spData’, ‘statmod’, ‘stopwords’, ‘stringi’, ‘SummarizedExperiment’,
‘surveillance’, ‘survey’, ‘tableone’, ‘testthat’, ‘text2vec’, ‘tibble’,
‘tidyr’, ‘tidyselect’, ‘tidyverse’, ‘tinytex’, ‘tm’, ‘topicmodels’, ‘TTR’,
‘units’, ‘usethis’, ‘uuid’, ‘vctrs’, ‘visNetwork’, ‘withr’, ‘xfun’,
‘xgboost’, ‘XML’, ‘xml2’, ‘xts’, ‘XVector’, ‘yaml’, ‘zlibbioc’, ‘zoo’
There are binary versions available but the source versions are later:
binary source needs_compilation
backports 1.1.7 1.1.8 TRUE
htmlTable 1.13.3 2.0.0 FALSE
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/wordcloud2_0.2.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 999844 bytes (976 KB)
downloaded 976 KB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/annotate_1.64.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2238722 bytes (2.1 MB)
downloaded 2.1 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/AnnotationDbi_1.48.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 5226197 bytes (5.0 MB)
downloaded 5.0 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/BH_1.72.0-3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 18270741 bytes (17.4 MB)
downloaded 17.4 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/Biobase_2.46.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2421436 bytes (2.3 MB)
downloaded 2.3 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/BiocGenerics_0.32.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 748769 bytes (731 KB)
downloaded 731 KB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/BiocParallel_1.20.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1672038 bytes (1.6 MB)
downloaded 1.6 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/BiocVersion_3.10.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 8903 bytes
downloaded 8903 bytes
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/bit_1.1-15.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 252475 bytes (246 KB)
downloaded 246 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/blob_1.2.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 47723 bytes (46 KB)
downloaded 46 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/broom_0.5.6.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1970639 bytes (1.9 MB)
downloaded 1.9 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/Cairo_1.5-12.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1040911 bytes (1016 KB)
downloaded 1016 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/callr_3.4.3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 390402 bytes (381 KB)
downloaded 381 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/car_3.0-8.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1564099 bytes (1.5 MB)
downloaded 1.5 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/carData_3.0-4.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1821316 bytes (1.7 MB)
downloaded 1.7 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/caTools_1.18.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 330432 bytes (322 KB)
downloaded 322 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/checkmate_2.0.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 704639 bytes (688 KB)
downloaded 688 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/classInt_0.4-3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 467957 bytes (456 KB)
downloaded 456 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/cli_2.0.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 397888 bytes (388 KB)
downloaded 388 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/covr_3.5.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 305301 bytes (298 KB)
downloaded 298 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/crosstalk_1.1.0.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 778716 bytes (760 KB)
downloaded 760 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/curl_4.3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 4127987 bytes (3.9 MB)
downloaded 3.9 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/data.table_1.12.8.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2276767 bytes (2.2 MB)
downloaded 2.2 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/DBI_1.1.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 607347 bytes (593 KB)
downloaded 593 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/dbplyr_1.4.4.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 644261 bytes (629 KB)
downloaded 629 KB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/DelayedArray_0.12.3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2261536 bytes (2.2 MB)
downloaded 2.2 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/DESeq2_1.26.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2552125 bytes (2.4 MB)
downloaded 2.4 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/devtools_2.3.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 350962 bytes (342 KB)
downloaded 342 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/DiagrammeR_1.0.6.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 5558172 bytes (5.3 MB)
downloaded 5.3 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/digest_0.6.25.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 249475 bytes (243 KB)
downloaded 243 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/dplyr_1.0.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1522184 bytes (1.5 MB)
downloaded 1.5 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/drat_0.1.6.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 89567 bytes (87 KB)
downloaded 87 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/DT_0.13.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1734181 bytes (1.7 MB)
downloaded 1.7 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/edgeR_3.28.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2986014 bytes (2.8 MB)
downloaded 2.8 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/ellipsis_0.3.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 45934 bytes (44 KB)
downloaded 44 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/epiR_1.0-15.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 857628 bytes (837 KB)
downloaded 837 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/fansi_0.4.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 223884 bytes (218 KB)
downloaded 218 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/farver_2.0.3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1912126 bytes (1.8 MB)
downloaded 1.8 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/fitdistrplus_1.1-1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2725046 bytes (2.6 MB)
downloaded 2.6 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/forcats_0.5.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 356323 bytes (347 KB)
downloaded 347 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/foreach_1.5.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 145920 bytes (142 KB)
downloaded 142 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/forecast_8.12.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2358698 bytes (2.2 MB)
downloaded 2.2 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/fracdiff_1.5-1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 135022 bytes (131 KB)
downloaded 131 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/fs_1.4.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 773609 bytes (755 KB)
downloaded 755 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/gargle_0.5.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 400070 bytes (390 KB)
downloaded 390 KB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/genefilter_1.68.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1540166 bytes (1.5 MB)
downloaded 1.5 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/geneplotter_1.64.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1585192 bytes (1.5 MB)
downloaded 1.5 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/GenomeInfoDb_1.22.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 3839163 bytes (3.7 MB)
downloaded 3.7 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/GenomicRanges_1.38.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2198139 bytes (2.1 MB)
downloaded 2.1 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/GEOquery_2.54.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 13850910 bytes (13.2 MB)
downloaded 13.2 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/ggplot2_3.3.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 4068432 bytes (3.9 MB)
downloaded 3.9 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/ggpubr_0.3.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1859849 bytes (1.8 MB)
downloaded 1.8 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/ggrepel_0.8.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1154089 bytes (1.1 MB)
downloaded 1.1 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/gh_1.1.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 110365 bytes (107 KB)
downloaded 107 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/git2r_0.27.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 3687960 bytes (3.5 MB)
downloaded 3.5 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/glue_1.4.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 154028 bytes (150 KB)
downloaded 150 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/googleAuthR_1.3.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 406479 bytes (396 KB)
downloaded 396 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/googledrive_1.0.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1770548 bytes (1.7 MB)
downloaded 1.7 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/googlesheets4_0.2.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 467471 bytes (456 KB)
downloaded 456 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/gplots_3.0.3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 595339 bytes (581 KB)
downloaded 581 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/gtools_3.8.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 336453 bytes (328 KB)
downloaded 328 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/h2o_3.30.0.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 130944314 bytes (124.9 MB)
downloaded 124.9 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/haven_2.3.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1067204 bytes (1.0 MB)
downloaded 1.0 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/Heatplus_2.32.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1007868 bytes (984 KB)
downloaded 984 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/hexbin_1.28.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1002143 bytes (978 KB)
downloaded 978 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/Hmisc_4.4-0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 3167446 bytes (3.0 MB)
downloaded 3.0 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/hms_0.5.3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 109783 bytes (107 KB)
downloaded 107 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/htmltools_0.5.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 233079 bytes (227 KB)
downloaded 227 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/httpuv_1.5.4.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1551610 bytes (1.5 MB)
downloaded 1.5 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/igraph_1.2.5.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 9165651 bytes (8.7 MB)
downloaded 8.7 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/imager_0.42.3.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 10031218 bytes (9.6 MB)
downloaded 9.6 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/IRanges_2.20.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2405448 bytes (2.3 MB)
downloaded 2.3 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/ISOcodes_2020.03.16.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 306800 bytes (299 KB)
downloaded 299 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/jomo_2.7-1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2245621 bytes (2.1 MB)
downloaded 2.1 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/jsonlite_1.6.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1165739 bytes (1.1 MB)
downloaded 1.1 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/knitr_1.28.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1431167 bytes (1.4 MB)
downloaded 1.4 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/labelled_2.5.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 210283 bytes (205 KB)
downloaded 205 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/lamW_1.3.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 539827 bytes (527 KB)
downloaded 527 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/later_1.1.0.1.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 687561 bytes (671 KB)
downloaded 671 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/latticeExtra_0.6-29.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 2202331 bytes (2.1 MB)
downloaded 2.1 MB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/LBE_1.54.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 453112 bytes (442 KB)
downloaded 442 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/lifecycle_0.2.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 101697 bytes (99 KB)
downloaded 99 KB
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.10/bioc/bin/windows/contrib/3.6/limma_3.42.2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 3096814 bytes (3.0 MB)
downloaded 3.0 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/lme4_1.1-23.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 5708494 bytes (5.4 MB)
downloaded 5.4 MB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/lmerTest_3.1-2.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 417383 bytes (407 KB)
downloaded 407 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/locfit_1.5-9.4.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 689589 bytes (673 KB)
downloaded 673 KB
URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/lubridate_1.7.9.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 1605006 bytes (1.5 MB)
downloaded 1.5 MB
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URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.6/zoo_1.8-8.zip’ を試しています
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package ‘wordcloud2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘annotate’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘AnnotationDbi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘BH’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Full genome sequence of SARS-Cov-2
ゲノム配列を見てみました
COVID19の原因ウイルスであるSARS-Cov-2のゲノム配列が公開されているのでとりあえず眺めてみました。こういうのは、ちょっと遺伝子を扱う研究的なことをやったことのある人にとっては、元ファイルを見た方が速いんでしょうけど。以前はアクセション番号とか言っていましたが、シーケンスのIDは次の通りです；NCBI Reference Sequence: NC_045512.2
約29.9千塩基とシーケンスは長いのでこのページの下の方に示すとして、主な構造です。GC％ 約38%。11種類の遺伝子から12種類の成熟タンパク質が翻訳されると報告されています。上流（5′-末）から順に見ていきます。265塩基の5′-UTRに引き続いて出てくるタンパク質をコードしているとされる配列はORF1abとされています。
gene ORF1ab
gene 266..21555
大きな遺伝子が設定されています
CDS join(266..13468,13468..21555)
ココは興味深いところで、13468までのコドンをtta aacと読んでおいて、一塩基分５’側に引き返して、その最後のcを次のコドンの頭と読み替えています。（2度Cを読むような感じ）
13451 gca[A]..caa[Q]..tcg[S]..ttt[F]..tta[L]..aac[N]..ggg[G]..ttt[F]..gcg[A]..gtg[V].. taa[stop] ->
13451 gca[A]..caa[Q]..tcg[S]..ttt[F]..tta[L]..aac[N]..cgg[R]..gtt[V]..tgc[C]..ggt[G]..gta[V]..agt[S]..gca[A]…
ribosomal_slippage
note="pp1ab; translated by -1 ribosomal frameshift"
と注釈が入っています。リボゾームがスリップして、フレームシフトを起こすようです。この現象は2005年にはコロナウイルスで報告があります。1
ORF1 a/bは大きなペプチドで、複数のたんぱく質(mature protein)をコードしています。その機能は、良く判りません。
gene S
ORF1 a/bに続く遺伝子は「S」 スパイクタンパク質をコードする遺伝子です。このタンパク質がACE2と結合してヒト細胞に侵入するのに大きな役割を担っていると報告されています。
gene 21563..25384
gene="S"
アミノ酸配列です
/translation="MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFR SSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIR GWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVY SSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQ GFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFL LKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITN LCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCF TNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYN YLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPY RVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFG RDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAI HADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPR RARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTM YICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFG GFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFN GLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQN VLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGA ISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMS ECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAH FPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELD SFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELG KYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSE PVLKGVKLHYT
ORF３a
Sに続く配列がORF3a
gene 25393..26220
/gene="ORF3a"
gene E
ORF3aに続くのは、SARS-Cov-2 ウイルスの構造タンパク質であるエンベロープをコードする遺伝子です。
gene 26245..26472
/gene="E"
アミノ酸配列です
/translation="MYSFVSEETGTLIVNSVLLFLAFVVFLLVTLAILTALRLCAYCC NIVNVSLVKPSFYVYSRVKNLNSSRVPDLLV"
Envelopeにはあまり、面白そうなリガンドが含まれる相同性のある構造が報告されていないようなので、アライメントした結果をここに貼っておきます。
gene M
gene E に続くのは、gene Mです。
gene 26523..27191
/gene="M"
アミノ酸配列です。
/translation="MADSNGTITVEELKKLLEQWNLVIGFLFLTWICLLQFAYANRNR FLYIIKLIFLWLLWPVTLACFVLAAVYRINWITGGIAIAMACLVGLMWLSYFIASFRL FARTRSMWSFNPETNILLNVPLHGTILTRPLLESELVIGAVILRGHLRIAGHHLGRCD IKDLPKEITVATSRTLSYYKLGASQRVAGDSGFAAYSRYRIGNYKLNTDHSSSSDNIA LLVQ"
M-proteinで相同性検索すると、リガンドが含まれる構造が８種類あるのですが、既知の構造とSARS-CoV-2のM-proteinで相同性がある範囲が狭いのと、テンプレートのリガンドの位置が気に入らないので、これ以上深追いしないという事で、アライメントを公開します。
ORF6, 7a, 7b, 8
gene Mに続くのは、ORF6, 7a, 7b, 8です。
gene 27202..27387
/gene="ORF6"
gene 27394..27759
/gene="ORF7a"
gene 27756..27887
/gene="ORF7b"
gene 27894..28259
/gene="ORF8"
gene N
ORF 8につづくのは、gene Nで、これはnucleocapsid phosphoproteinをコードします。
gene 28274..29533
/gene="N"
アミノ酸残基です
/translation="MSDNGPQNQRNAPRITFGGPSDSTGSNQNGERSGARSKQRRPQG LPNNTASWFTALTQHGKEDLKFPRGQGVPINTNSSPDDQIGYYRRATRRIRGGDGKMK DLSPRWYFYYLGTGPEAGLPYGANKDGIIWVATEGALNTPKDHIGTRNPANNAAIVLQ LPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRNSSRNSTPGSSRGTSPARMAGNGGDAA LALLLLDRLNQLESKMSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKAYNVTQAFGR RGPEQTQGNFGDQELIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYT GAIKLDDKDPNFKDQVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKADETQALPQRQKKQQTV TLLPAADLDDFSKQLQQSMSSADSTQA"
ORF10
gene Nに続いて出てくる読み枠が最も3′-末のORF10です。
gene 29558..29674
/gene="ORF10"
これに引き続いて3′-UTR配列が来ます。
全配列
ORIGIN
1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct
61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact
121 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc
181 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt
241 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac
301 acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg
361 agactccgtg gaggaggtct tatcagaggc acgtcaacat cttaaagatg gcacttgtgg
421 cttagtagaa gttgaaaaag gcgttttgcc tcaacttgaa cagccctatg tgttcatcaa
481 acgttcggat gctcgaactg cacctcatgg tcatgttatg gttgagctgg tagcagaact
541 cgaaggcatt cagtacggtc gtagtggtga gacacttggt gtccttgtcc ctcatgtggg
601 cgaaatacca gtggcttacc gcaaggttct tcttcgtaag aacggtaata aaggagctgg
661 tggccatagt tacggcgccg atctaaagtc atttgactta ggcgacgagc ttggcactga
721 tccttatgaa gattttcaag aaaactggaa cactaaacat agcagtggtg ttacccgtga
781 actcatgcgt gagcttaacg gaggggcata cactcgctat gtcgataaca acttctgtgg
841 ccctgatggc taccctcttg agtgcattaa agaccttcta gcacgtgctg gtaaagcttc
901 atgcactttg tccgaacaac tggactttat tgacactaag aggggtgtat actgctgccg
961 tgaacatgag catgaaattg cttggtacac ggaacgttct gaaaagagct atgaattgca
1021 gacacctttt gaaattaaat tggcaaagaa atttgacacc ttcaatgggg aatgtccaaa
1081 ttttgtattt cccttaaatt ccataatcaa gactattcaa ccaagggttg aaaagaaaaa
1141 gcttgatggc tttatgggta gaattcgatc tgtctatcca gttgcgtcac caaatgaatg
1201 caaccaaatg tgcctttcaa ctctcatgaa gtgtgatcat tgtggtgaaa cttcatggca
1261 gacgggcgat tttgttaaag ccacttgcga attttgtggc actgagaatt tgactaaaga
1321 aggtgccact acttgtggtt acttacccca aaatgctgtt gttaaaattt attgtccagc
1381 atgtcacaat tcagaagtag gacctgagca tagtcttgcc gaataccata atgaatctgg
1441 cttgaaaacc attcttcgta agggtggtcg cactattgcc tttggaggct gtgtgttctc
1501 ttatgttggt tgccataaca agtgtgccta ttgggttcca cgtgctagcg ctaacatagg
1561 ttgtaaccat acaggtgttg ttggagaagg ttccgaaggt cttaatgaca accttcttga
1621 aatactccaa aaagagaaag tcaacatcaa tattgttggt gactttaaac ttaatgaaga
1681 gatcgccatt attttggcat ctttttctgc ttccacaagt gcttttgtgg aaactgtgaa
1741 aggtttggat tataaagcat tcaaacaaat tgttgaatcc tgtggtaatt ttaaagttac
1801 aaaaggaaaa gctaaaaaag gtgcctggaa tattggtgaa cagaaatcaa tactgagtcc
1861 tctttatgca tttgcatcag aggctgctcg tgttgtacga tcaattttct cccgcactct
1921 tgaaactgct caaaattctg tgcgtgtttt acagaaggcc gctataacaa tactagatgg
1981 aatttcacag tattcactga gactcattga tgctatgatg ttcacatctg atttggctac
2041 taacaatcta gttgtaatgg cctacattac aggtggtgtt gttcagttga cttcgcagtg
2101 gctaactaac atctttggca ctgtttatga aaaactcaaa cccgtccttg attggcttga
2161 agagaagttt aaggaaggtg tagagtttct tagagacggt tgggaaattg ttaaatttat
2221 ctcaacctgt gcttgtgaaa ttgtcggtgg acaaattgtc acctgtgcaa aggaaattaa
2281 ggagagtgtt cagacattct ttaagcttgt aaataaattt ttggctttgt gtgctgactc
2341 tatcattatt ggtggagcta aacttaaagc cttgaattta ggtgaaacat ttgtcacgca
2401 ctcaaaggga ttgtacagaa agtgtgttaa atccagagaa gaaactggcc tactcatgcc
2461 tctaaaagcc ccaaaagaaa ttatcttctt agagggagaa acacttccca cagaagtgtt
2521 aacagaggaa gttgtcttga aaactggtga tttacaacca ttagaacaac ctactagtga
2581 agctgttgaa gctccattgg ttggtacacc agtttgtatt aacgggctta tgttgctcga
2641 aatcaaagac acagaaaagt actgtgccct tgcacctaat atgatggtaa caaacaatac
2701 cttcacactc aaaggcggtg caccaacaaa ggttactttt ggtgatgaca ctgtgataga
2761 agtgcaaggt tacaagagtg tgaatatcac ttttgaactt gatgaaagga ttgataaagt
2821 acttaatgag aagtgctctg cctatacagt tgaactcggt acagaagtaa atgagttcgc
2881 ctgtgttgtg gcagatgctg tcataaaaac tttgcaacca gtatctgaat tacttacacc
2941 actgggcatt gatttagatg agtggagtat ggctacatac tacttatttg atgagtctgg
3001 tgagtttaaa ttggcttcac atatgtattg ttctttctac cctccagatg aggatgaaga
3061 agaaggtgat tgtgaagaag aagagtttga gccatcaact caatatgagt atggtactga
3121 agatgattac caaggtaaac ctttggaatt tggtgccact tctgctgctc ttcaacctga
3181 agaagagcaa gaagaagatt ggttagatga tgatagtcaa caaactgttg gtcaacaaga
3241 cggcagtgag gacaatcaga caactactat tcaaacaatt gttgaggttc aacctcaatt
3301 agagatggaa cttacaccag ttgttcagac tattgaagtg aatagtttta gtggttattt
3361 aaaacttact gacaatgtat acattaaaaa tgcagacatt gtggaagaag ctaaaaaggt
3421 aaaaccaaca gtggttgtta atgcagccaa tgtttacctt aaacatggag gaggtgttgc
3481 aggagcctta aataaggcta ctaacaatgc catgcaagtt gaatctgatg attacatagc
3541 tactaatgga ccacttaaag tgggtggtag ttgtgtttta agcggacaca atcttgctaa
3601 acactgtctt catgttgtcg gcccaaatgt taacaaaggt gaagacattc aacttcttaa
3661 gagtgcttat gaaaatttta atcagcacga agttctactt gcaccattat tatcagctgg
3721 tatttttggt gctgacccta tacattcttt aagagtttgt gtagatactg ttcgcacaaa
3781 tgtctactta gctgtctttg ataaaaatct ctatgacaaa cttgtttcaa gctttttgga
3841 aatgaagagt gaaaagcaag ttgaacaaaa gatcgctgag attcctaaag aggaagttaa
3901 gccatttata actgaaagta aaccttcagt tgaacagaga aaacaagatg ataagaaaat
3961 caaagcttgt gttgaagaag ttacaacaac tctggaagaa actaagttcc tcacagaaaa
4021 cttgttactt tatattgaca ttaatggcaa tcttcatcca gattctgcca ctcttgttag
4081 tgacattgac atcactttct taaagaaaga tgctccatat atagtgggtg atgttgttca
4141 agagggtgtt ttaactgctg tggttatacc tactaaaaag gctggtggca ctactgaaat
4201 gctagcgaaa gctttgagaa aagtgccaac agacaattat ataaccactt acccgggtca
4261 gggtttaaat ggttacactg tagaggaggc aaagacagtg cttaaaaagt gtaaaagtgc
4321 cttttacatt ctaccatcta ttatctctaa tgagaagcaa gaaattcttg gaactgtttc
4381 ttggaatttg cgagaaatgc ttgcacatgc agaagaaaca cgcaaattaa tgcctgtctg
4441 tgtggaaact aaagccatag tttcaactat acagcgtaaa tataagggta ttaaaataca
4501 agagggtgtg gttgattatg gtgctagatt ttacttttac accagtaaaa caactgtagc
4561 gtcacttatc aacacactta acgatctaaa tgaaactctt gttacaatgc cacttggcta
4621 tgtaacacat ggcttaaatt tggaagaagc tgctcggtat atgagatctc tcaaagtgcc
4681 agctacagtt tctgtttctt cacctgatgc tgttacagcg tataatggtt atcttacttc
4741 ttcttctaaa acacctgaag aacattttat tgaaaccatc tcacttgctg gttcctataa
4801 agattggtcc tattctggac aatctacaca actaggtata gaatttctta agagaggtga
4861 taaaagtgta tattacacta gtaatcctac cacattccac ctagatggtg aagttatcac
4921 ctttgacaat cttaagacac ttctttcttt gagagaagtg aggactatta aggtgtttac
4981 aacagtagac aacattaacc tccacacgca agttgtggac atgtcaatga catatggaca
5041 acagtttggt ccaacttatt tggatggagc tgatgttact aaaataaaac ctcataattc
5101 acatgaaggt aaaacatttt atgttttacc taatgatgac actctacgtg ttgaggcttt
5161 tgagtactac cacacaactg atcctagttt tctgggtagg tacatgtcag cattaaatca
5221 cactaaaaag tggaaatacc cacaagttaa tggtttaact tctattaaat gggcagataa
5281 caactgttat cttgccactg cattgttaac actccaacaa atagagttga agtttaatcc
5341 acctgctcta caagatgctt attacagagc aagggctggt gaagctgcta acttttgtgc
5401 acttatctta gcctactgta ataagacagt aggtgagtta ggtgatgtta gagaaacaat
5461 gagttacttg tttcaacatg ccaatttaga ttcttgcaaa agagtcttga acgtggtgtg
5521 taaaacttgt ggacaacagc agacaaccct taagggtgta gaagctgtta tgtacatggg
5581 cacactttct tatgaacaat ttaagaaagg tgttcagata ccttgtacgt gtggtaaaca
5641 agctacaaaa tatctagtac aacaggagtc accttttgtt atgatgtcag caccacctgc
5701 tcagtatgaa cttaagcatg gtacatttac ttgtgctagt gagtacactg gtaattacca
5761 gtgtggtcac tataaacata taacttctaa agaaactttg tattgcatag acggtgcttt
5821 acttacaaag tcctcagaat acaaaggtcc tattacggat gttttctaca aagaaaacag
5881 ttacacaaca accataaaac cagttactta taaattggat ggtgttgttt gtacagaaat
5941 tgaccctaag ttggacaatt attataagaa agacaattct tatttcacag agcaaccaat
6001 tgatcttgta ccaaaccaac catatccaaa cgcaagcttc gataatttta agtttgtatg
6061 tgataatatc aaatttgctg atgatttaaa ccagttaact ggttataaga aacctgcttc
6121 aagagagctt aaagttacat ttttccctga cttaaatggt gatgtggtgg ctattgatta
6181 taaacactac acaccctctt ttaagaaagg agctaaattg ttacataaac ctattgtttg
6241 gcatgttaac aatgcaacta ataaagccac gtataaacca aatacctggt gtatacgttg
6301 tctttggagc acaaaaccag ttgaaacatc aaattcgttt gatgtactga agtcagagga
6361 cgcgcaggga atggataatc ttgcctgcga agatctaaaa ccagtctctg aagaagtagt
6421 ggaaaatcct accatacaga aagacgttct tgagtgtaat gtgaaaacta ccgaagttgt
6481 aggagacatt atacttaaac cagcaaataa tagtttaaaa attacagaag aggttggcca
6541 cacagatcta atggctgctt atgtagacaa ttctagtctt actattaaga aacctaatga
6601 attatctaga gtattaggtt tgaaaaccct tgctactcat ggtttagctg ctgttaatag
6661 tgtcccttgg gatactatag ctaattatgc taagcctttt cttaacaaag ttgttagtac
6721 aactactaac atagttacac ggtgtttaaa ccgtgtttgt actaattata tgccttattt
6781 ctttacttta ttgctacaat tgtgtacttt tactagaagt acaaattcta gaattaaagc
6841 atctatgccg actactatag caaagaatac tgttaagagt gtcggtaaat tttgtctaga
6901 ggcttcattt aattatttga agtcacctaa tttttctaaa ctgataaata ttataatttg
6961 gtttttacta ttaagtgttt gcctaggttc tttaatctac tcaaccgctg ctttaggtgt
7021 tttaatgtct aatttaggca tgccttctta ctgtactggt tacagagaag gctatttgaa
7081 ctctactaat gtcactattg caacctactg tactggttct ataccttgta gtgtttgtct
7141 tagtggttta gattctttag acacctatcc ttctttagaa actatacaaa ttaccatttc
7201 atcttttaaa tgggatttaa ctgcttttgg cttagttgca gagtggtttt tggcatatat
7261 tcttttcact aggtttttct atgtacttgg attggctgca atcatgcaat tgtttttcag
7321 ctattttgca gtacatttta ttagtaattc ttggcttatg tggttaataa ttaatcttgt
7381 acaaatggcc ccgatttcag ctatggttag aatgtacatc ttctttgcat cattttatta
7441 tgtatggaaa agttatgtgc atgttgtaga cggttgtaat tcatcaactt gtatgatgtg
7501 ttacaaacgt aatagagcaa caagagtcga atgtacaact attgttaatg gtgttagaag
7561 gtccttttat gtctatgcta atggaggtaa aggcttttgc aaactacaca attggaattg
7621 tgttaattgt gatacattct gtgctggtag tacatttatt agtgatgaag ttgcgagaga
7681 cttgtcacta cagtttaaaa gaccaataaa tcctactgac cagtcttctt acatcgttga
7741 tagtgttaca gtgaagaatg gttccatcca tctttacttt gataaagctg gtcaaaagac
7801 ttatgaaaga cattctctct ctcattttgt taacttagac aacctgagag ctaataacac
7861 taaaggttca ttgcctatta atgttatagt ttttgatggt aaatcaaaat gtgaagaatc
7921 atctgcaaaa tcagcgtctg tttactacag tcagcttatg tgtcaaccta tactgttact
7981 agatcaggca ttagtgtctg atgttggtga tagtgcggaa gttgcagtta aaatgtttga
8041 tgcttacgtt aatacgtttt catcaacttt taacgtacca atggaaaaac tcaaaacact
8101 agttgcaact gcagaagctg aacttgcaaa gaatgtgtcc ttagacaatg tcttatctac
8161 ttttatttca gcagctcggc aagggtttgt tgattcagat gtagaaacta aagatgttgt
8221 tgaatgtctt aaattgtcac atcaatctga catagaagtt actggcgata gttgtaataa
8281 ctatatgctc acctataaca aagttgaaaa catgacaccc cgtgaccttg gtgcttgtat
8341 tgactgtagt gcgcgtcata ttaatgcgca ggtagcaaaa agtcacaaca ttgctttgat
8401 atggaacgtt aaagatttca tgtcattgtc tgaacaacta cgaaaacaaa tacgtagtgc
8461 tgctaaaaag aataacttac cttttaagtt gacatgtgca actactagac aagttgttaa
8521 tgttgtaaca acaaagatag cacttaaggg tggtaaaatt gttaataatt ggttgaagca
8581 gttaattaaa gttacacttg tgttcctttt tgttgctgct attttctatt taataacacc
8641 tgttcatgtc atgtctaaac atactgactt ttcaagtgaa atcataggat acaaggctat
8701 tgatggtggt gtcactcgtg acatagcatc tacagatact tgttttgcta acaaacatgc
8761 tgattttgac acatggttta gccagcgtgg tggtagttat actaatgaca aagcttgccc
8821 attgattgct gcagtcataa caagagaagt gggttttgtc gtgcctggtt tgcctggcac
8881 gatattacgc acaactaatg gtgacttttt gcatttctta cctagagttt ttagtgcagt
8941 tggtaacatc tgttacacac catcaaaact tatagagtac actgactttg caacatcagc
9001 ttgtgttttg gctgctgaat gtacaatttt taaagatgct tctggtaagc cagtaccata
9061 ttgttatgat accaatgtac tagaaggttc tgttgcttat gaaagtttac gccctgacac
9121 acgttatgtg ctcatggatg gctctattat tcaatttcct aacacctacc ttgaaggttc
9181 tgttagagtg gtaacaactt ttgattctga gtactgtagg cacggcactt gtgaaagatc
9241 agaagctggt gtttgtgtat ctactagtgg tagatgggta cttaacaatg attattacag
9301 atctttacca ggagttttct gtggtgtaga tgctgtaaat ttacttacta atatgtttac
9361 accactaatt caacctattg gtgctttgga catatcagca tctatagtag ctggtggtat
9421 tgtagctatc gtagtaacat gccttgccta ctattttatg aggtttagaa gagcttttgg
9481 tgaatacagt catgtagttg cctttaatac tttactattc cttatgtcat tcactgtact
9541 ctgtttaaca ccagtttact cattcttacc tggtgtttat tctgttattt acttgtactt
9601 gacattttat cttactaatg atgtttcttt tttagcacat attcagtgga tggttatgtt
9661 cacaccttta gtacctttct ggataacaat tgcttatatc atttgtattt ccacaaagca
9721 tttctattgg ttctttagta attacctaaa gagacgtgta gtctttaatg gtgtttcctt
9781 tagtactttt gaagaagctg cgctgtgcac ctttttgtta aataaagaaa tgtatctaaa
9841 gttgcgtagt gatgtgctat tacctcttac gcaatataat agatacttag ctctttataa
9901 taagtacaag tattttagtg gagcaatgga tacaactagc tacagagaag ctgcttgttg
9961 tcatctcgca aaggctctca atgacttcag taactcaggt tctgatgttc tttaccaacc
10021 accacaaacc tctatcacct cagctgtttt gcagagtggt tttagaaaaa tggcattccc
10081 atctggtaaa gttgagggtt gtatggtaca agtaacttgt ggtacaacta cacttaacgg
10141 tctttggctt gatgacgtag tttactgtcc aagacatgtg atctgcacct ctgaagacat
10201 gcttaaccct aattatgaag atttactcat tcgtaagtct aatcataatt tcttggtaca
10261 ggctggtaat gttcaactca gggttattgg acattctatg caaaattgtg tacttaagct
10321 taaggttgat acagccaatc ctaagacacc taagtataag tttgttcgca ttcaaccagg
10381 acagactttt tcagtgttag cttgttacaa tggttcacca tctggtgttt accaatgtgc
10441 tatgaggccc aatttcacta ttaagggttc attccttaat ggttcatgtg gtagtgttgg
10501 ttttaacata gattatgact gtgtctcttt ttgttacatg caccatatgg aattaccaac
10561 tggagttcat gctggcacag acttagaagg taacttttat ggaccttttg ttgacaggca
10621 aacagcacaa gcagctggta cggacacaac tattacagtt aatgttttag cttggttgta
10681 cgctgctgtt ataaatggag acaggtggtt tctcaatcga tttaccacaa ctcttaatga
10741 ctttaacctt gtggctatga agtacaatta tgaacctcta acacaagacc atgttgacat
10801 actaggacct ctttctgctc aaactggaat tgccgtttta gatatgtgtg cttcattaaa
10861 agaattactg caaaatggta tgaatggacg taccatattg ggtagtgctt tattagaaga
10921 tgaatttaca ccttttgatg ttgttagaca atgctcaggt gttactttcc aaagtgcagt
10981 gaaaagaaca atcaagggta cacaccactg gttgttactc acaattttga cttcactttt
11041 agttttagtc cagagtactc aatggtcttt gttctttttt ttgtatgaaa atgccttttt
11101 accttttgct atgggtatta ttgctatgtc tgcttttgca atgatgtttg tcaaacataa
11161 gcatgcattt ctctgtttgt ttttgttacc ttctcttgcc actgtagctt attttaatat
11221 ggtctatatg cctgctagtt gggtgatgcg tattatgaca tggttggata tggttgatac
11281 tagtttgtct ggttttaagc taaaagactg tgttatgtat gcatcagctg tagtgttact
11341 aatccttatg acagcaagaa ctgtgtatga tgatggtgct aggagagtgt ggacacttat
11401 gaatgtcttg acactcgttt ataaagttta ttatggtaat gctttagatc aagccatttc
11461 catgtgggct cttataatct ctgttacttc taactactca ggtgtagtta caactgtcat
11521 gtttttggcc agaggtattg tttttatgtg tgttgagtat tgccctattt tcttcataac
11581 tggtaataca cttcagtgta taatgctagt ttattgtttc ttaggctatt tttgtacttg
11641 ttactttggc ctcttttgtt tactcaaccg ctactttaga ctgactcttg gtgtttatga
11701 ttacttagtt tctacacagg agtttagata tatgaattca cagggactac tcccacccaa
11761 gaatagcata gatgccttca aactcaacat taaattgttg ggtgttggtg gcaaaccttg
11821 tatcaaagta gccactgtac agtctaaaat gtcagatgta aagtgcacat cagtagtctt
11881 actctcagtt ttgcaacaac tcagagtaga atcatcatct aaattgtggg ctcaatgtgt
11941 ccagttacac aatgacattc tcttagctaa agatactact gaagcctttg aaaaaatggt
12001 ttcactactt tctgttttgc tttccatgca gggtgctgta gacataaaca agctttgtga
12061 agaaatgctg gacaacaggg caaccttaca agctatagcc tcagagttta gttcccttcc
12121 atcatatgca gcttttgcta ctgctcaaga agcttatgag caggctgttg ctaatggtga
12181 ttctgaagtt gttcttaaaa agttgaagaa gtctttgaat gtggctaaat ctgaatttga
12241 ccgtgatgca gccatgcaac gtaagttgga aaagatggct gatcaagcta tgacccaaat
12301 gtataaacag gctagatctg aggacaagag ggcaaaagtt actagtgcta tgcagacaat
12361 gcttttcact atgcttagaa agttggataa tgatgcactc aacaacatta tcaacaatgc
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12541 atcagcattg tgggaaatcc aacaggttgt agatgcagat agtaaaattg ttcaacttag
12601 tgaaattagt atggacaatt cacctaattt agcatggcct cttattgtaa cagctttaag
12661 ggccaattct gctgtcaaat tacagaataa tgagcttagt cctgttgcac tacgacagat
12721 gtcttgtgct gccggtacta cacaaactgc ttgcactgat gacaatgcgt tagcttacta
12781 caacacaaca aagggaggta ggtttgtact tgcactgtta tccgatttac aggatttgaa
12841 atgggctaga ttccctaaga gtgatggaac tggtactatc tatacagaac tggaaccacc
12901 ttgtaggttt gttacagaca cacctaaagg tcctaaagtg aagtatttat actttattaa
12961 aggattaaac aacctaaata gaggtatggt acttggtagt ttagctgcca cagtacgtct
13021 acaagctggt aatgcaacag aagtgcctgc caattcaact gtattatctt tctgtgcttt
13081 tgctgtagat gctgctaaag cttacaaaga ttatctagct agtgggggac aaccaatcac
13141 taattgtgtt aagatgttgt gtacacacac tggtactggt caggcaataa cagttacacc
13201 ggaagccaat atggatcaag aatcctttgg tggtgcatcg tgttgtctgt actgccgttg
13261 ccacatagat catccaaatc ctaaaggatt ttgtgactta aaaggtaagt atgtacaaat
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13561 aaagtagctg gttttgctaa attcctaaaa actaattgtt gtcgcttcca agaaaaggac
13621 gaagatgaca atttaattga ttcttacttt gtagttaaga gacacacttt ctctaactac
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14041 attgttggtg tactgacatt agataatcaa gatctcaatg gtaactggta tgatttcggt
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14161 ttaatgccta tattaacctt gaccagggct ttaactgcag agtcacatgt tgacactgac
14221 ttaacaaagc cttacattaa gtgggatttg ttaaaatatg acttcacgga agagaggtta
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14941 tcagctggtt ttccatttaa taaatggggt aaggctagac tttattatga ttcaatgagt
15001 tatgaggatc aagatgcact tttcgcatat acaaaacgta atgtcatccc tactataact
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15301 aaatgtgata gagccatgcc taacatgctt agaattatgg cctcacttgt tcttgctcgc
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15421 caagtattga gtgaaatggt catgtgtggc ggttcactat atgttaaacc aggtggaacc
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16861 gttgtttacc gaggtacaac aacttacaaa ttaaatgttg gtgattattt tgtgctgaca
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17341 gatatagttg tctttgatga aatttcaatg gccacaaatt atgatttgag tgttgtcaat
17401 gccagattac gtgctaagca ctatgtgtac attggcgacc ctgctcaatt acctgcacca
17461 cgcacattgc taactaaggg cacactagaa ccagaatatt tcaattcagt gtgtagactt
17521 atgaaaacta taggtccaga catgttcctc ggaacttgtc ggcgttgtcc tgctgaaatt
17581 gttgacactg tgagtgcttt ggtttatgat aataagctta aagcacataa agacaaatca
17641 gctcaatgct ttaaaatgtt ttataagggt gttatcacgc atgatgtttc atctgcaatt
17701 aacaggccac aaataggcgt ggtaagagaa ttccttacac gtaaccctgc ttggagaaaa
17761 gctgtcttta tttcacctta taattcacag aatgctgtag cctcaaagat tttgggacta
17821 ccaactcaaa ctgttgattc atcacagggc tcagaatatg actatgtcat attcactcaa
17881 accactgaaa cagctcactc ttgtaatgta aacagattta atgttgctat taccagagca
17941 aaagtaggca tactttgcat aatgtctgat agagaccttt atgacaagtt gcaatttaca
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18061 tttaaagatt gtagtaaggt aatcactggg ttacatccta cacaggcacc tacacacctc
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18241 ggttacccta acatgtttat cacccgcgaa gaagctataa gacatgtacg tgcatggatt
18301 ggcttcgatg tcgaggggtg tcatgctact agagaagctg ttggtaccaa tttaccttta
18361 cagctaggtt tttctacagg tgttaaccta gttgctgtac ctacaggtta tgttgataca
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18661 tgtctatgtg atagacgtgc cacatgcttt tccactgctt cagacactta tgcctgttgg
18721 catcattcta ttggatttga ttacgtctat aatccgttta tgattgatgt tcaacaatgg
18781 ggttttacag gtaacctaca aagcaaccat gatctgtatt gtcaagtcca tggtaatgca
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18901 aagcgtgttg actggactat tgaatatcct ataattggtg atgaactgaa gattaatgcg
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20941 cttgtcgatt cagatcttaa tgactttgtc tctgatgcag attcaacttt gattggtgat
21001 tgtgcaactg tacatacagc taataaatgg gatctcatta ttagtgatat gtacgaccct
21061 aagactaaaa atgttacaaa agaaaatgac tctaaagagg gttttttcac ttacatttgt
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21181 tcttggaatg ctgatcttta taagctcatg ggacacttcg catggtggac agcctttgtt
21241 actaatgtga atgcgtcatc atctgaagca tttttaattg gatgtaatta tcttggcaaa
21301 ccacgcgaac aaatagatgg ttatgtcatg catgcaaatt acatattttg gaggaataca
21361 aatccaattc agttgtcttc ctattcttta tttgacatga gtaaatttcc ccttaaatta
21421 aggggtactg ctgttatgtc tttaaaagaa ggtcaaatca atgatatgat tttatctctt
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21601 tcagtgtgtt aatcttacaa ccagaactca attaccccct gcatacacta attctttcac
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25561 cagagcgctt ccaaaatcat aaccctcaaa aagagatggc aactagcact ctccaagggt
25621 gttcactttg tttgcaactt gctgttgttg tttgtaacag tttactcaca ccttttgctc
25681 gttgctgctg gccttgaagc cccttttctc tatctttatg ctttagtcta cttcttgcag
25741 agtataaact ttgtaagaat aataatgagg ctttggcttt gctggaaatg ccgttccaaa
25801 aacccattac tttatgatgc caactatttt ctttgctggc atactaattg ttacgactat
25861 tgtatacctt acaatagtgt aacttcttca attgtcatta cttcaggtga tggcacaaca
25921 agtcctattt ctgaacatga ctaccagatt ggtggttata ctgaaaaatg ggaatctgga
25981 gtaaaagact gtgttgtatt acacagttac ttcacttcag actattacca gctgtactca
26041 actcaattga gtacagacac tggtgttgaa catgttacct tcttcatcta caataaaatt
26101 gttgatgagc ctgaagaaca tgtccaaatt cacacaatcg acggttcatc cggagttgtt
26161 aatccagtaa tggaaccaat ttatgatgaa ccgacgacga ctactagcgt gcctttgtaa
26221 gcacaagctg atgagtacga acttatgtac tcattcgttt cggaagagac aggtacgtta
26281 atagttaata gcgtacttct ttttcttgct ttcgtggtat tcttgctagt tacactagcc
26341 atccttactg cgcttcgatt gtgtgcgtac tgctgcaata ttgttaacgt gagtcttgta
26401 aaaccttctt tttacgttta ctctcgtgtt aaaaatctga attcttctag agttcctgat
26461 cttctggtct aaacgaacta aatattatat tagtttttct gtttggaact ttaattttag
26521 ccatggcaga ttccaacggt actattaccg ttgaagagct taaaaagctc cttgaacaat
26581 ggaacctagt aataggtttc ctattcctta catggatttg tcttctacaa tttgcctatg
26641 ccaacaggaa taggtttttg tatataatta agttaatttt cctctggctg ttatggccag
26701 taactttagc ttgttttgtg cttgctgctg tttacagaat aaattggatc accggtggaa
26761 ttgctatcgc aatggcttgt cttgtaggct tgatgtggct cagctacttc attgcttctt
26821 tcagactgtt tgcgcgtacg cgttccatgt ggtcattcaa tccagaaact aacattcttc
26881 tcaacgtgcc actccatggc actattctga ccagaccgct tctagaaagt gaactcgtaa
26941 tcggagctgt gatccttcgt ggacatcttc gtattgctgg acaccatcta ggacgctgtg
27001 acatcaagga cctgcctaaa gaaatcactg ttgctacatc acgaacgctt tcttattaca
27061 aattgggagc ttcgcagcgt gtagcaggtg actcaggttt tgctgcatac agtcgctaca
27121 ggattggcaa ctataaatta aacacagacc attccagtag cagtgacaat attgctttgc
27181 ttgtacagta agtgacaaca gatgtttcat ctcgttgact ttcaggttac tatagcagag
27241 atattactaa ttattatgag gacttttaaa gtttccattt ggaatcttga ttacatcata
27301 aacctcataa ttaaaaattt atctaagtca ctaactgaga ataaatattc tcaattagat
27361 gaagagcaac caatggagat tgattaaacg aacatgaaaa ttattctttt cttggcactg
27421 ataacactcg ctacttgtga gctttatcac taccaagagt gtgttagagg tacaacagta
27481 cttttaaaag aaccttgctc ttctggaaca tacgagggca attcaccatt tcatcctcta
27541 gctgataaca aatttgcact gacttgcttt agcactcaat ttgcttttgc ttgtcctgac
27601 ggcgtaaaac acgtctatca gttacgtgcc agatcagttt cacctaaact gttcatcaga
27661 caagaggaag ttcaagaact ttactctcca atttttctta ttgttgcggc aatagtgttt
27721 ataacacttt gcttcacact caaaagaaag acagaatgat tgaactttca ttaattgact
27781 tctatttgtg ctttttagcc tttctgctat tccttgtttt aattatgctt attatctttt
27841 ggttctcact tgaactgcaa gatcataatg aaacttgtca cgcctaaacg aacatgaaat
27901 ttcttgtttt cttaggaatc atcacaactg tagctgcatt tcaccaagaa tgtagtttac
27961 agtcatgtac tcaacatcaa ccatatgtag ttgatgaccc gtgtcctatt cacttctatt
28021 ctaaatggta tattagagta ggagctagaa aatcagcacc tttaattgaa ttgtgcgtgg
28081 atgaggctgg ttctaaatca cccattcagt acatcgatat cggtaattat acagtttcct
28141 gtttaccttt tacaattaat tgccaggaac ctaaattggg tagtcttgta gtgcgttgtt
28201 cgttctatga agacttttta gagtatcatg acgttcgtgt tgttttagat ttcatctaaa
28261 cgaacaaact aaaatgtctg ataatggacc ccaaaatcag cgaaatgcac cccgcattac
28321 gtttggtgga ccctcagatt caactggcag taaccagaat ggagaacgca gtggggcgcg
28381 atcaaaacaa cgtcggcccc aaggtttacc caataatact gcgtcttggt tcaccgctct
28441 cactcaacat ggcaaggaag accttaaatt ccctcgagga caaggcgttc caattaacac
28501 caatagcagt ccagatgacc aaattggcta ctaccgaaga gctaccagac gaattcgtgg
28561 tggtgacggt aaaatgaaag atctcagtcc aagatggtat ttctactacc taggaactgg
28621 gccagaagct ggacttccct atggtgctaa caaagacggc atcatatggg ttgcaactga
28681 gggagccttg aatacaccaa aagatcacat tggcacccgc aatcctgcta acaatgctgc
28741 aatcgtgcta caacttcctc aaggaacaac attgccaaaa ggcttctacg cagaagggag
28801 cagaggcggc agtcaagcct cttctcgttc ctcatcacgt agtcgcaaca gttcaagaaa
28861 ttcaactcca ggcagcagta ggggaacttc tcctgctaga atggctggca atggcggtga
28921 tgctgctctt gctttgctgc tgcttgacag attgaaccag cttgagagca aaatgtctgg
28981 taaaggccaa caacaacaag gccaaactgt cactaagaaa tctgctgctg aggcttctaa
29041 gaagcctcgg caaaaacgta ctgccactaa agcatacaat gtaacacaag ctttcggcag
29101 acgtggtcca gaacaaaccc aaggaaattt tggggaccag gaactaatca gacaaggaac
29161 tgattacaaa cattggccgc aaattgcaca atttgccccc agcgcttcag cgttcttcgg
29221 aatgtcgcgc attggcatgg aagtcacacc ttcgggaacg tggttgacct acacaggtgc
29281 catcaaattg gatgacaaag atccaaattt caaagatcaa gtcattttgc tgaataagca
29341 tattgacgca tacaaaacat tcccaccaac agagcctaaa aaggacaaaa agaagaaggc
29401 tgatgaaact caagccttac cgcagagaca gaagaaacag caaactgtga ctcttcttcc
29461 tgctgcagat ttggatgatt tctccaaaca attgcaacaa tccatgagca gtgctgactc
29521 aactcaggcc taaactcatg cagaccacac aaggcagatg ggctatataa acgttttcgc
29581 ttttccgttt acgatatata gtctactctt gtgcagaatg aattctcgta actacatagc
29641 acaagtagat gtagttaact ttaatctcac atagcaatct ttaatcagtg tgtaacatta
29701 gggaggactt gaaagagcca ccacattttc accgaggcca cgcggagtac gatcgagtgt
29761 acagtgaaca atgctaggga gagctgccta tatggaagag ccctaatgtg taaaattaat
29821 tttagtagtg ctatccccat gtgattttaa tagcttctta ggagaatgac aaaaaaaaaa
29881 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa
1.
Baranov P, Henderson C, Anderson C, Gesteland R, Atkins J, Howard M. Programmed ribosomal frameshifting in decoding the SARS-CoV genome. Virology. 2005;332(2):498-510. [PubMed]
アーバン教則本の無料ダウンロード
はじめに
美人トランペッターの齋藤舞子さんが、ツイッターでデュエットの二番パートの動画を掲載しました。舞子さんが教則本の中でも比較的難易度の低い方の楽曲を選んで２番パートを演奏してくださっています。フォロワーが気楽に１番パートを演奏して、練習して楽しんだり、重ね撮りしてアップして楽しんだり、と言う使い方を想定していらっしゃるようです。私はというと大学卒業後30年ほどほとんど楽器に触らない時期も長かったのですが、私もこの動画をみて重ね撮りしたくなりまして、試しに演奏してみました。そのセットアップの大変さは気が向いたら書きたいと思いますが、普段web会議とかで使用しているwebcamのlogicool HD1080pでは、ラッパの音が大きすぎて音が割れてしまったり、ライブの撮影に使用してますzoom Q2nはドライバーがないのかマックが認識してくれなかったり、同じくライブの音を撮っているTASCAM のDR-07 mkIIがUSBマイクのような使い方ができなかったりと音と画を撮る機材がマックとの連携が悪くて悩ましかったところです。＊結局DR-07 mkIIのアナログ出力をYAMAHA STEINBERG UR22 mkIIでA/D変換してマックへ取り込みました。画はHD1080pで撮れました。
この記事ではとりあえず譜面がどこにあるのかを記事にしようかと思います。
1. ペトルッチIMSLP
著作権の消失した古い譜面を、アーカイブしている、言わば楽譜の電子図書館のサイトです。ここへアクセスします。
2. 上記の「4 more」をクリック
すると画面表示が少し変わります。
3. Book 4. The Art of Phrasing をクリック
「15秒後にダウンロードが再開します」が「ダウンロードを再開するにはこちらをクリックしてください」に変わるまで待ちます。（頻繁に利用されるのでしたらユーザー登録して、この15秒を節約しても良いかもしれません）
「ダウンロードを再開するにはこちらをクリックしてください」をクリックします。
4. デュエットはファイルの56ページから開始
冊子上は246ページ（ファイルでは56ページ）からデュエットの譜面が始まります。
以上。
COVID-19原因ウイルスのspike蛋白質の受容体結合ドメインとヒトACE2
シミュレーション動画
新型コロナウイルス肺炎COVID-19原因ウイルスのSARS-CoV-2がヒト細胞に侵入する際に結合すると考えられているヒト細胞側のタンパク質（受容体）はACE2です。このACE２とウイルス側の結合する部位（受容体結合ドメイン）がどのように相互作用するのか、直接観察することは難しいものです。直接見るのが難しいのであれば、コンピューターシミュレーションで補うというのが、観察に迫る一つのアプローチです。この点についてデビッド・ショウらのモレキュラー・ダイナミック・シミュレーションの結果が公開されています。シミュレーションデータは膨大で、私は入手しませんが、シミュレーションの結果の結合してゆく様の動画だけ表示させていただきます。SARS-CoV-2
ピンク色の分子がヒトACE2～ human ACE2 (hACE2)～で、グリーンがSARS-CoV-2のspike蛋白質の受容体結合ドメインです。～receptor-binding domain (RBD) 元の論文1では結晶構造を得やすくする様に少し修飾しています（元になった構造はエントリー6VW11）～
途中で小さな白い棒のようなものに赤や青の小さな点が付いたものがニョキニョキ出てきていますが、両蛋白質のアミノ酸残基で、結合にかかわるものだけを表示するように設定したものと思われます。動画にはありませんが、リンク先ホームページには結合部位が400ほどに増えると、エネルギーが低い安定した状態になるような図も提示されています。
1.
Shang J, Ye G, Shi K, et al. Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature. March 2020. [PubMed]
リサーチクエスチョンを組み立てる（１）
～悟りを与えるのは答えではなく質問である～ユージン・イヨネスコ
新しい知識は答えのある質問をしたことから生まれます。まだ解決されていない重要な問題に対して新しい有用な答えを見つけるためには、その問題について多くのことを知り、現在の知識と無知の境界線がどこにあるのかを正確に知る必要があります。問題について多くのことを知らなければ、もっともらしい診断検査や介入が開発されることを想像することはできません。現在の知識の状態を知らなければ、正しい「次のステップ」の方向に向かっているかどうかを知ることも困難です。
このセクションで紹介する質問に対する最初の答えは、研究可能な質問は、健康問題に対する知識の「最先端」を見つけることから生まれるということです。応用研究では「質問は簡単だが、答えを出すのは難しい」場合があります。これは、質問が良くないのかもしれません。思ったものそのままを、「質問」にしても答えを得ることはできないかもしれません。現在の応用研究の方法で有効な答えが得られるように、質問を構成しなおすのです。
研究の質問の構成には多くの要因が関与しています。特に応用研究では有効な質問に構成するというのは、一瞬でひらめくようなものではなく反復的な作業が必要です。反復的な要素には、臨床問題の基本的な次元、デザインの妥当性と実現可能性、一緒に作業する仲間、問題に取り組むために必要な他のリソース、試験を実施する際に生じる偶発的な問題などが含まれます。主な相互作用は、あなたが本当にやりたいことと、実際に可能なことの間にあります。これは直線的なプロセスではありません。
基本的な問題に対処し、質問の最初の方向性が有望だと思ったら、重要な追加質問に対処しなければなりません。
- 評価の適切な段階は？
- 内部妥当性は達成できるか？
- 外部妥当性（一般化可能性）はどの程度まで達成可能か？
- あなたの状況が許すものは何ですか？
- あなたは何をする余裕がありますか？
- 「アイデア」と「実現可能性」のバランスは？
FDA COVID-19流行下での治験の実施に係るガイダンスを公開
FDAはCOVID-19流行下でのガイダンスを公開
対象
治験依頼者・治験責任医師・IRB
公開日時
2020年3月18日
背景
新型コロナウイルスCOVID-19による感染症が蔓延しつつある。
コロナウイルスに試験施設の人員の感染や被験者の感染などが発生した場合、試験施設の閉鎖、移動制限、治験薬のためのサプライチェーンの障害などが生じうる。このような場合には、プロトコールの変更は避けられない。
COVID-19による影響は、試験中の疾患の特徴、試験デザイン、試験が実施されている地域など多数の要因によって起こりうる。
推奨事項
- GCP順守を維持し、臨床試験の完全性を損なうリスクを最小化しながら試験参加者の安全性を確保すること
実施中の試験
代替プロセスの実施は可能な限りプロトコールと一致しているべきであり、治験依頼者及び治験責任医師は、実施した不測の措置の理由を文書化すべきである。治験依頼者及び治験責任医師は、COVID-19に関連した制限が、どのように試験実施の変更とその変更の期間につながったのかを文書化し、どの試験参加者が影響を受けたのか、どのように影響を受けたのかを示すべきである。
試験の評価については、電話連絡やバーチャルな訪問などで代替できる方法により実施、また、もはや治験薬や試験サイトにアクセスする必要のない参加者には追加の安全性モニタリングを実施すること
試験の受診スケジュールの変更、欠席、または患者の中止は、情報の欠落につながる可能性がある（例えば、プロトコールで指定された手技の場合）。症例報告書には、欠落したプロトコール指定情報（例えば、COVID-19による試験受診の欠席や試験中止など）のCOVID-19との関係を含め、欠落したデータの根拠を説明する具体的な情報を記載することが重要であろう。臨床試験報告書にまとめられたこの情報は、治験依頼者及びFDAにとって有用である。
臨床現場での予定された診察に大きな影響が出る場合、通常、自己投与で配布されているような特定の治験薬は、代替の安全な投与方法を利用することが可能であるかもしれない。通常、医療環境で投与される他の治験薬については、代替投与（例えば、訓練を受けているが研究者以外 の職員による訪問看護や代替施設など）の計画についてFDAの審査部門に相談することが推奨される。いずれの場合も、治験薬の説明責任を維持するための既存の規制要件は依然として残っており、これに対処し、文書化すべきである。
有効性評価については、可能であれば、バーチャル評価の利用、評価の遅延、研究特異的検体の代替採取等、有効性評価のプロト コルの変更について、適切な審査部門との協議を行うことを推奨する。有効性評価項目が収集されなかった個別の事例については、有効性評価を取得できなかった理由を文書化する（例：COVID-19 によ る具体的な制限事項を明らかにし、プロトコールで指定された評価を実施できなかった理由を明らかにする）。
開始前の試験
治験依頼者、治験責任医師、及び IRB は、試験実施施設における COVID-19 対照措置の結果として試験が中断される可能性がある場合に、試験参加者を保護し、 試験の実施を管理するために使用するアプローチを記述するための方針と手順の確立と実施、又は既存の方針と 手順の改訂を検討すべきである。方針と手順の変更は、インフォームド・コンセントのプロセス、試験の訪問と手順、データ収集、試験のモニ タリング、有害事象の報告、及び渡航制限、検疫措置、または COVID-19 疾病そのものに起因する治験責任医師、治験実施施設のスタッフ、及び／またはモニターの変更への影響に 対処しうるが、これらに限定されるものではない。方針と手順は、COVID-19の管理と管理のために適用される（地域または国の）方針に準拠しているべきである。上記の変更の性質に応じて、適用される規則の下でプロトコルの修正が要求されることがあります。
以上は一部抜粋の情報です。詳細はオリジナルをご参照ください。
EMAも治験依頼者向けガイダンスを3月20日付で公開
PMDAも関連のQAを3月30日付で公開
各施設での対応状況（5月14日付）
class-oembed.php is deprecated since version 5.3.0
class-oembed.php is deprecated since version 5.3.0! Use wp-includes/class-wp-oembed.php instead. in ….
WordPressをアップデートしてからずっとこのエラーが出続けていて、よくわからないまま放置していたのですが、このフレーズでGoogle 検索すると私のページがトップに出てくるようになってしまいました。エラーメッセージを見ると推奨しないだけで、リスクがあるとか、使えないとかいう訳でもないようです。
そもそも、こういうエラーメッセージをページの最上部に表示するのは不自然です。と思ってみていたら、どうやらデバッグモードになっているらしいことがわかりました。なんでそうなっているのかわかりませんが。とりあえず、インストールの時に設定した wp-config.php のなかの
define(‘….’, ‘….’)
が連続する箇所の最下部に以下を追記しました。
define( ‘WP_DISABLE_FATAL_ERROR_HANDLER’, false ); // 5.2 and later
define( ‘WP_DEBUG’, false );
とりあえず、これでうっとうしかったメッセージは見えなくなりました。(2行目はもともと書き込まれていたので追記でもないか？）
とりあえず、めでたし！
CDCのサーベイランスアルゴリズム
CDC(Centers for Disease Control and Prevention)
最近安倍総理大臣もこの言葉を覚えた模様で「日本版CDC」をというような使い方がなされています。業界の人にとっては、ガイドラインを出しているのでその周辺でお目にかかることが多いのではないかと思います。私は、1995年公開の映画「アウトブレイク」で初めて耳にしました。1999年に留学したFDAとは、同じHHSの下部組織、つまりFDAとCDCは組織図上は横並びでした。CDCはどういった仕事をしているのでしょうか？業務は多岐にわたります。CDCの仕事を身近に感じたのは、1999年留学した年に、テレビで「鳥の死骸から西ナイルウイルスが検出された」という発表でした。米国には鳥の死骸のウイルス検査をしている行政機関があることに驚きました。その後ニューヨークでは夜間にヘリコプターで住宅街に殺虫剤をまくというプロジェクトが放送されていました。夜間に殺虫剤をまくので窓を閉めて寝るようにという放送がされていました。テレビの放送によると、「人体には無害な殺虫剤をまくが、念のため窓を閉めておくように」という事でした。
次に私が目にしたのは、FDAのCBERと共同してワクチンの副反応を集めて集計している業務です。パピローマウイルスワクチン、いわゆる「子宮頸がんワクチン」を知り合いたちと集計したのを覚えています。当時日本では上市前でしたが、すでに上市されていた米国のデータではStill病のような副反応が報告されているという内容でした。
サーベイランスのアルゴリズム
そして今回の新型コロナウイルス肺炎の騒ぎで、伝染病のサーベイランスと結果次第では早めの対応を日本でもできるようにという事で、「日本版CDC」をという議論が出てきているのだろうと思います。ただ、良く判らないのがその機能を担う機関が日本に全くないのかというとそういう訳でもないように思います。それは、さておき感染症のサーベイランスはどんな風にデータを評価しているのか少し調べてみました。Getting started with outbreak detection （アウトブレイクを検出することから始めよう）という論文によるとCDC algorithmという手法があります。新たに発症した症例数を週ごとに集計して、過去の発症例数と比較して変動の範囲を超えて感染者が増加した場合に、そのシグナルを検出する手法です。どんなふうになるのか、論理的な事や数式が出てきて良く判らなくなるよりは、実際のCOVID-19の日本のデータ（3月10日までの集計）を流し込んでどういったアウトプットが得られるのか、ながめてみることにしました。
とりあえず結果です
図はFarringtonアルゴリズムの出力です。四角い柱で1日ごとの度数が表示されています。右端のピークが3月6日。初めのアラートが1月28日（3例報告の日）。
実は、CDCが感染の流行をモニターしているアルゴリズムは週ごとのデータしか解析しないということで、今回のような短期のデータを日ごとで集計しようとするとエラーになりました。そこで教科書にCDCのアルゴリズムと列挙されていましたもう一つのアルゴリズム Farringtonのアルゴリズムで集計してみました。とりあえず、過去50日分の報告件数から、変動の範囲内なのか流行の兆しなのかを計算しているようです。この手法は、日ごろから散発的に報告があるような疾患で、急に増えて流行の兆しではないかというのを早期に発見する目的で使用するのに適している様で、COVID-19の様に全く新しい疾患に対しては、この手法は向いていないように思いました。残念。
A statistical algorithm for the early detection of outbreaks of infectious disease, Farrington, C.P.,Andrews, N.J, Beale A.D. and Catchpole, M.A. (1996), J. R. Statist. Soc. A, 159, 547-563.
https://www.jstor.org/stable/2983331?seq=1
library(“surveillance”)
library(readxl)
X0020_STS <- read_excel(“COVID_STS.xlsx”)
CovidDisProg <- create.disProg(week = X0020_STS$week,
observed = X0020_STS$observed,
state = X0020_STS$state,
start = c(2018, 1),
freq=365,
epochAsDate=TRUE)
#Do surveillance for the last 50 days.
n <- length(CovidDisProg$observed)
#Set control parameters.
control <- list(b=2,w=3,range=(n-50):n,reweight=TRUE, verbose=FALSE,alpha=0.01)
res <- algo.farrington(CovidDisProg,control=control)
#Plot the result.
plot(res,disease=”COVID-19″,method=”Farrington”)
# sts.cdc <- algo.cdc(CovidDisProg, control = control)
# <<<error>>> algo.cdc only works for weekly data.
# plot(sts.cdc, legend.opts=NULL)
使用した集計済ファイル
https://gis.jag-japan.com/covid19jp/?fbclid=IwAR3FWAcLkQvXDTUUMtNwm7qRFhplIxSREML5m-rrPXWzfz7IxVANOBdSeSY
KRAS.G12C ミュータント分子と阻害薬の構造
はじめに
KRASは悪性疾患でしばしば変異するがん遺伝子で、腫瘍でのシグナル伝達分子をコードします。その変異分子は以前より報告されていましたし、阻害薬の開発が試みられていましたがなかなかうまくいかなかったという事で、Undruggable KRASとも呼ばれていました。先日の飲み会で、とある先生が、このKRAS分子変異であるG12C（12番目のGlyがCysに変わる変異）に対する阻害薬が有望そうだというような話をされていました。酔っていたので詳しいことは覚えていませんが、とりあえず調べてみるとAmgen社から有望そうな阻害薬AMG510が臨床開発に進んでいるというようなことが解りました。1
この阻害薬の興味深い点は、変異することでCysアミノ酸残基ができるため、この性質を利用してS-Sジスルフィド結合をもたらすような最適化がなされている事です。どういう事かというと、他のATPに似た分子が水素結合での緩い結合を複数形成して結合部位に固定されているのに対して、ジスルフィド結合という共有結合で結合部位に結合されています。共有結合は水素結合より強い（外すのに大きなエネルギーが必要）ですので、水素結合を利用した阻害薬より強力な阻害作用が期待できそうです。それが、変異分子に特異的に作用するという点が味噌です。
また、アロステリック酵素という事で阻害薬が結合すると、分子全体の構造が大きく影響を受けるようです。ということで、その変化をとりあえず見てみます。
方法
だいたい前出の記事と同じ方法でモデルを作成しました。元になる構造は次のもので、P68Xには阻害薬が12番目のシステインに共有結合していました。また、野生型の構造では1番目がMet（合成の際の翻訳開始コドンがATGなのでMetになってしまうが成熟タンパクではなくなることが多い）になっていたので、問題のG12Cの場所は13番目と1個分ナンバーがずれてました。
1. 野生型ヒトKRAS ：PDB エントリ 5O2S2
2. 変異KRAS.G12C: PDB エントリ 6P8X3
結果
野生型
G12C
上記を重ねあわせた物
slabモードで野生型
slabモードで変異型
slabモードで重ねあわせた物
References
1.
AMG 510 First to Inhibit “Undruggable” KRAS. Cancer Discov. 2019;9(8):988-989. [PubMed]
2.
Guillard S, Kolasinska-Zwierz P, Debreczeni J, et al. Structural and functional characterization of a DARPin which inhibits Ras nucleotide exchange. Nat Commun. 2017;8:16111. [PubMed]
3.
Shin Y, Jeong J, Wurz R, et al. Discovery of <i>N</i>-(1-Acryloylazetidin-3-yl)-2-(1<i>H</i>-indol-1-yl)acetamides as Covalent Inhibitors of KRAS<sup>G12C</sup>. ACS Med Chem Lett. 2019;10(9):1302-1308. [PubMed]