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探索的因子分析は特に因子構造についての仮説を持たない場合に使用します。探索的因子分析では全ての因子からすべての項目に因子負荷があると仮定して，因子から項目への因子負荷量を推定します。それに対して確認的因子分析では因子構造についての仮説がある場合に使用します。確認的因子分析では，どの項目がどの因子から因子負荷を受けているのかを指定し，因子から因子負荷を受けていない項目については因子負荷を0に固定して推定を行います。探索的因子分析では項目群がどのような因子構造をもっているのかや，どの項目がどの因子から負荷を受けているのかに関心があるのに対して，確認的因子分析では研究者の仮説モデルにデータが適合しているかどうかに関心があります。データがモデルに適合しているかどうかは各種の適合度指標で評価します。