ヘモグロビン分子とヘムの状態

初めに

(ヒト)ヘモグロビンは、赤血球に含まれる分子です。赤血球は肺の毛細血管で酸素を「捕まえ」て、血流に乗って身体の組織に移動し、組織では酸素を「離し」ます。つまり、酸素を肺から身体の組織へ運ぶ機能を有します。その機能をヘモグロビンの構造の側面から観察してみました。

ヘモグロビンには2つの構造が異なる状態があります。緊張した状態 (tens form, T型)と緩んだ状態(relaxed form, R型)です。周辺(環境)のpHが低い、CO2濃度が高い、2,3 BPG濃度が高い等の状況下では、ヘモグロビン分子がT型を取りやすく、その逆ではR型を取りやすいとされています。T型は酸素との親和性が低く、言い換えるならば酸素を放出しやすく、逆にR型では酸素との親和性が高く、酸素と結合しやすい状態です。T型を取りやすい環境は身体では組織の環境であり、R型を取りやすい環境は肺の毛細血管の環境ということになります。赤血球が肺で酸素を取り込み組織まで運ぶのは、ヘモグロビンが組織では酸素を放出し、肺の毛細血管では酸素と結合しやすいというヘモグロビンの性質によって実現されています。

生理的に存在する2つのヘモグロビンの状態のうち、ヘモグロビン分子が酸素と結合した状態のものをoxyhemoglobin、酸素と結合していないものをdeoxyhemoglobinと呼びます。ヘム鉄はそのいずれの状態でも2価のままです。oxyhemoglobinを「酸素化ヘモグロビン」とdeoxyhemoglobinを「脱酸素化ヘモグロビン」と呼びます。「酸化ヘモグロビン」「還元ヘモグロビン」と書かれている場合がありますが、私はこの呼び方には違和感を持っています。oxyhemoglobinでも、ヘム鉄が酸化されていないからです。これらの酸素化・脱酸素化の状態の他に、実はヘム鉄が酸化した3価の状態の物も存在していまして、「メトヘモグロビン」と呼ばれています。病的にメトヘモグロビンが増加した状態をメトヘモグロビン血症と呼びます。私としてはメトヘモグロビンという病的な状態で増加する分子を「酸化ヘモグロビン」と呼びたいところです。(ただし、そのように呼んでいるものはあまり目にしません。)

オゾンで処理した自己血を輸注する健康法(?)の様なものが報道されていましたが、オゾンのような反応性の高い酸素原子を含む分子が、ヘモグロビンと反応するとメトヘモグロビンを産生しないか心配です。実はそのような実験を行った結果が報告されていました。等容量(液体とガスとが)のヘモグロビンと4%以下のオゾンを短時間 (within few minutes) 反応させたところメトヘモグロビンがごくわずか増加したということでした1。環境にあるオゾンが人に作用した際のヘモグロビンの酸化を評価するような実験なのか、この文献で試験されていましたのは、オゾン濃度が最大4%、生体分子とオゾンが反応すると短期間にオゾン濃度が低下することを想定して、ヘモグロビンが直接オゾンと反応するであろう反応時間も短時間に設定して実験しています。(Within few minutes after rapid mixing of the equal gas‐liquid volumes, the ozone was consumed because by instantaneously reacting with biomolecules, generating reactive oxygen species (particularly hydrogen peroxide) having very short lifetime and lipid oxidation products. ) そうした実験系でもメトヘモグロビンはごくわずかに増加を示したようです。

という訳で?酸素化ヘモグロビンと脱酸素化ヘモグロビンの構造の差を見てみようと思いました。

方法

構造の情報はProtein Data Bankから

deoxyhemoglobin 2hhb.pdb2 (1)

oxyhemoglobin 1hhb.pdb2 (2)

α鎖1分子分のみ表示したい

(1) chainA + heme Aのみsave -> deoxyHb.pdb (3)

(2) chainA + heme A + o のみsave -> oxyHb.pdb (4)

(3) load (4) load -> (5)

作業中見やすくするように

(5) 両方のレイヤーについてside chainをかくす
(side chainのカラムのどこかを右クリック、これを両方のレイヤーで行う)

(6) OxyHb ピンク DeoxyHb 水色 O 赤 Oxyのヘム黄色 Deoxyのヘムマゼンタ

2種類の構造の位置を一致させて表示するために

(7) Fit メニュー:Magic Fit -> accept all parameters

(8) Fitメニュー: Generate Structure alignment

ヘムと相互作用するカギとなるヒスチジン残基

(9) サイドチェインを表示、His87, His58のラベルを表示

図を美しくしたい~レイトレーシング

(10) 見やすそうな角度で、PovRayへの出力ファイルを保存

結果

酸素化ヘモグロビン

酸素化ヘモグロビン

脱酸素化ヘモグロビン

上記の2つを同じ位置に配置してみました

 

想うところ

赤血球が酸素を運ぶ際、鉄が錆(さび)ようとする(酸化されやすい)性質を利用して酸素を引き付けます。しかし、本当に錆びてしまったら酸素を必要な場所で放すことができませんので、引き付けるエサとして鉄を利用しつつ、その鉄に近づいた酸素をうまく制御している、というのがヘモグロビンの機能の本質的な部分であって、あまり強力な酸化作用はちょうど良い制御を逸脱するかもしれません。

前々職の開発にかかわった医薬品の副作用として、「メトヘモグロビン血症」がありました。メトヘモグロビン血症を診断した場合にはメチレンブルーを使用することになるのですが、その当時日本国内ではメチレンブルーが医療用医薬品として承認されておらず、ひどいメトヘモグロビン血症になったらどうするといいかという問いには非常に答えにくい状況でした。金魚等の白点病の治療薬としてはペット屋さんに行けばありますが、人に静脈注射できるような品質が担保されていません。医療上の必要性が高い未承認の医薬品という事で厚生労働省から働きかけがあり、第一三共さんが承認を取得して世に送り出してくださったという経緯があります。

造血幹細胞移植を行う際に無菌室を滅菌するのにオゾンを用いていたこともあり、オゾンは殺菌作用のある物質と認識しており、生体分子との反応性も高そうです。人にとっても高濃度曝露は避けるべきものと理解していました。そういう認識があったもので個人的には毒性が心配なのですが、それが健康法(「クレンジング」)として話題になっていて気になりましたので、どのように安全性が調べられたのか、この健康法を行うというクリニックのホームページをいくつか見ましたが方法がきちんと書かれていないようです。

References:

1.
Bocci V, Aldinucci C. Biochemical modifications induced in human blood by oxygenation-ozonation. J Biochem Mol Toxicol. 2006;20(3):133-138. [PubMed]
2.
Fermi G, Perutz M, Shaanan B, Fourme R. The crystal structure of human deoxyhaemoglobin at 1.74 A resolution. J Mol Biol. 1984;175(2):159-174. [PubMed]

BioConductorのインストール

以前の方法じゃダメじゃん

RをアップデートしたらBioconductorのインストールも必要になったのですが、

> source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
> bioLite()

ではダメになっていましたので調べました。エラーメッセージではR versin 3.5からはbioLiteではなく、BiocManagerを使用するようにとなっています。

With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/instal

現在の方法

というわけでホームページで新しいbioconductorの導入方法を調べてインストールしました。次のようになりました。


> if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))  install.packages(“BiocManager”)
パッケージを ‘C:/Users/ganken-0309/Documents/R/win-library/3.6’ 中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないため)
URL ‘https://cloud.r-project.org/bin/windows/contrib/3.6/BiocManager_1.30.4.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 292998 bytes (286 KB)
downloaded 286 KB

パッケージ ‘BiocManager’ は無事に展開され、MD5 サムもチェックされました

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\ganken-0309\AppData\Local\Temp\RtmpymGsiN\downloaded_packages

> BiocManager::install(“LBE”)
Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installing package(s) ‘LBE’
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.9/bioc/bin/windows/contrib/3.6/LBE_1.52.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 452641 bytes (442 KB)
downloaded 442 KB

package ‘LBE’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\ganken-0309\AppData\Local\Temp\RtmpymGsiN\downloaded_packages
installation path not writeable, unable to update packages: boot, foreign, mgcv, nlme

夜の女王のアリア

要約

W.A Mozartの有名な楽曲「魔笛」から「夜の女王のアリア」のボーカルスコアをin  B♭に転調したものを打ち直しました。ただ、それだけなのですがせっかく綺麗にお化粧したので、公開します。

For Piccolo Trumpet in Bb,  Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen from

Download

 

これを公開する事情

当初は自分自身用で単に移調した物が見れればいい程度のメモ書きでした。先日Facebook上の友人がピッコロトランペットでこの曲を演奏したいと、in Bbで書かれた楽譜を探していました。当初はメモ書きの物をお送りしたのですが、あまりにも見た目が悪い適当だったのと、他にもこれを見てみたいというような方もおられるようでしたのできれいにお化粧しなおしました。

せっかく打ち直したならIMSLPでCCBYで共有しようかと思ったのですが、当該楽曲のページはTranscriptを置くスペースがすでに満杯でしたので、IMSLPに置くのはあきらめて、自身のページで公開することにしました。

著作権は

原曲はあのW.A. Mozartの作曲ですので既に切れているはずです。元にしたのもPublic Domainとして登録されていたボーカルの譜面ですので問題ないはずです。私が転調して打ち直した部分についてはCCBYとしました。(転調して打ち直したものをarrageと言うかは微妙なところですが)

 

作品題名 Die Zauberflöte
別名 The Magic Flute ; La Flûte enchantée
名前の翻訳 La Flûte enchantée; The Magic Flute; A flauta machica; Вълшебната флейта; La flauta màgica; [38 more…]
別名 K 620; KV 620; Zauberflöte; O Μαγικός Αυλός; La flauta magica; [2 more…]
典拠 WorldCat; Wikipedia; VIAF: 176580465; LCCN: n81081247; GND: 300112068; [5 more…]
作曲家 Mozart, Wolfgang Amadeus
作品番号・カタログ番号 K.620
Iカタログ番号 IWM 684
楽章・部 2 acts [more…]
作曲された年月日 1791
初演 1791-09-30 in Vienna: Theater auf der Wieden

Wolfgang Amadeus Mozart (conductor)
初出版 1793, 1814 – Bonn: N. Simrock

  • Vocal score – Plate 4, 145 pages*
  • Full score – Plate 1092, 364 pages

*a vocal score was issued by Kozeluch of Vienna as a periodical in segments from late 1791 through 1793.

台本家 Emanuel Schikaneder (1751-1812)
言語 German
作曲家の時代 Classical
作品スタイル Classical
楽器編成 voices, mixed chorus, orchestra [more…]
関連作品 Pieces based on ‘Die Zauberflöte’
外部リンク Wikipedia article
NMA score
NMA report (German)
Die Zauberflöte –  Scores at Sheet Music Plus

以上テーブル内は http://imslp.org/ の情報(CC)より

Proportion and rate

「割合」と「率」

この2つの言葉は、医学書の中でも頻繁に間違って使われています。ある集団を一定期間観察した後、一部の人が死亡した、あるいは何らかの疾患に罹患したとします。こうした場合に集計された結果を表現する上で「死亡率」や「罹患率」と言ったもので表現します。しかし、実際には死亡者の割合や罹患した人の割合が報告されている、という事が頻繁に起きています。これらの言葉はその一連の論文の中、議論の中で定義して使用しているのであれば問題はないのでしょうが、定義なく使用した場合には混乱を招くことになります。

罹患率

私が参照しているKenneth J RothmanのModern Epidemiologyが使用している定義は次です。

まず理解してほしいのは、分子(発症件数)と分母(時間)という風に分子と分母の単位が異なる事です。「率」は割り算する際の分子と分母で単位が異なります。1$が360円(いつの話だ)、時速60km(60 km/h)等は「率」です。

number of disease onsetsはあまり誤解される点はないのですが、観察対照集団の中で観察しようとしていた疾患を発症した人の数、あるいは複数回起きることを前提に観察している場合は、その疾患を発症した回数、という事になります *1。この式を提示する前に、populationの定義などの議論があるのですが、populationはとりあえず観察対象とした集団で、time spent in populationは対照集団の個々の人をat riskの状態で観察した時間と理解することができます。

*1 分子を初回のみカウントする集計の場合、分母の集計が観察した時間すべてではなく、初回のイベントが発生した時点でat riskの状態での観察は終了になります。このように集計したい対照の性質によって分子のカウント方法と共に分母の集計方法も変わってきます。

割合

罹患者の割合は単純に、観察対照集団の中で観察しようとしていた疾患を発症した人の数(分子は「率」と同じ)を発現した観察した人の人数で割ったものです。この場合、分子も分母も同じ「人」という単位、という事になります。割合を見やすくするために100倍したら%という記号が付されます。

 

割合・比・オッズ・率

例を示します。ここに男性7人、女性3人、合計10人のヒトが居たとして、

割合ーー男性の割合は7 / 10

比ーー男性と女性の比は、男:女 7:3

オッズーー男と女のオッズは7/3

率ーー該当なし(疫学で使う率はこの例ではいろいろな意味で算出できない)

となります。

誤用が浸透している

世の中で、割合の事を「率」と書くことが広く浸透しているのでそのまま「率」でいいという声も少なからずあります。拙書のNew Engl J Med1、この時もproportionを編集者がrateに書き換えてしまいました。proportion に戻してほしいと主張しましたが、「皆様にもこのようにしてもらっています」のような答えが返ってきました。(日本人が折れるポイントをよく御存じみたいで)

1.
Murashige N, Tanimoto T, Oshima Y. Interstitial lung disease and gefitinib. N Engl J Med. 2010;363(16):1578-9; author reply 1579-80. [PubMed]

American College of Physicians のChapter Contribution Award を受賞しました

2019年6月8日京都大学で開催されたAmerican College of Physicians 日本支部総会の場で、Chapter Contribution Award を受賞しました。この賞はACP日本支部への貢献が讃えられるもので、Public Relations Committee とその前進であったPublication Committee合わせて十数年間に渡ってボランティアで活動に参加してきたことが評価されたのだろうと理解しています。

今回の受賞をFacebook で簡単に報告した所、「その賞はいったいどういうものなのか、」「同学会の日本支部で何をしているのか、」質問を頂きました。そうした質問に対する答えは準備しておこうと言う事でこの記事を書き始めました。

まずはこの賞がどういった位置づけなのかホームページで探してみました。しかし公開ページでは紹介されていません。表彰の場では説明されていましたが、あがっていたのと周りの雑音でよく聞こえなかったのとで頭に入っていません。あきらめつつ写真を眺めていると、賞についての写真が残っていました。「ACPの活動は基本的にボランティアで行われている。継続的に貢献しているACP日本支部会員に、更なる貢献を期待して贈呈」というような事が書かれていました。

と言うことで、名誉な事ですが具体的にはどの部分が貢献として評価されたのかは正確には推し量れません。少なくとも長期間である点は評価のポイントだった様です。

第4回たまごぶらすコンサート

平成最後のコンサート

去る2019/4/25 (木) にたまごぶらす 平成最後の演奏会 を鑑賞してきました。場所は新宿グラムシュタイン。出演は「たまごぶらす」(片野和泉、増田佳乃、須藤彩華、荻野杏菜、上森菜未のみなさま)

今回のテーマは「ありがとう平成、よろしく令和」。昨年より平成最後のコンサートというのを企画していたという事で、第二部は平成を振り返るようなポピュラーな曲で、メンバーが好きな曲をチョイスしたという事でした。全部という訳ではないようですが、このメンバーのこのコンサートのためにアレンジした曲もあるという事でした。

相変わらず、メンバー内でも客席との対話でも和気あいあいとした雰囲気で、ゆる~く和やかに進む雰囲気が居心地の良い時間を演出してくれます。私にはこの雰囲気が本当に居心地が良い!

第一部

01 ウエスタンファンファーレ

02 トリッチトラッチハトポッポルカ

03 DON QUICHOTTISEN

第二部

04 アニメーションメドレー

05 SPEEDメドレー

06 嵐メドレー

07 モー娘。メドレー

08 SMAPメドレー

09 アンコール

フォトギャラリー

当日撮影した写真です!

Unitegallaryの調子が悪い時があるので、googleの共有写真のリンクです。

self-controlled case series (SCCS) – (3)

はじめに

Self-controlled case series (SCCS) の解析方法を試しはじめてしばらく時間が経過しました。その間に、このSCCSを計算するためのRのパッケージが開発されていまして、一見したところ便利そうです。とりあえず、ご多分に漏れず、このパッケージを利用して、過去にやった方法論文1と同じ結果が得られるのか試してみました。

まずはインストール

install("SCCS")

適切なサーバーを選択してインストールが完了するのを待ちます。

読み込みます

library("SCCS")

オックスフォード伯爵のマーチ

以前Observation Islandで試したoxfordデータが,このパッケージではamdatという名前で含まれています。どんな内容か確認してみます。

amdat
   case sta end  am mmr
1     1 366 730 398 458
2     2 366 730 399 750
3     3 366 730 413 392
4     4 366 730 449 429
5     5 366 730 455 433
6     6 366 730 472 432
7     7 366 730 474 395
8     8 366 730 485 470
9     9 366 730 524 496
10   10 366 730 700 428

以前使用したoxfordデータは次の通りです

良く似ているけど微妙に調整が必要そうです

indiv eventday start end exday
1 398 365 730 458
2 413 365 730 392
3 449 365 730 429
4 455 365 730 433
5 472 365 730 432
6 474 365 730 395
7 485 365 730 470
8 524 365 730 496
9 700 365 730 428
10 399 365 730 716

観察の開始日

前回試したoxfordデータでは開始日が365でした。このパッケージのamdatでは366に。うるう年にかかってしまったかな?などと思うのも良いのですが、とりあえず同じデータで開始したいので、試行する間はパラメータを投入する際にこの部分を前回と同じになるように調整。具体的にはスクリプトでパラメータを与える際に、

astart=sta

と与えるべきところを

astart=sta-1

にして調整しました。

症例2のMMR接種日が前回と違う

前回試したoxfordデータでは症例10の接種日は716日目だったのが、今回パッケージ附属のamdatでは同じ症例が「症例2」になっていて,接種日が750日目になっていました。とりあえずここも、前回に合わせておきたいので

amdat[2,5] <- 716

とやります。なんだか、細かい質の部分に齟齬が残っているな。

スクリプト

上記2点の調整を含むスクリプトは次のようになります。


library("SCCS")

amdat[2,5] <- 716
am.mod2 <- standardsccs(event~mmr+age, indiv=case, astart=sta-1,
aend=end, aevent=am, adrug=mmr, aedrug=mmr+35,
expogrp=15, agegrp=547, data=amdat)
am.mod2

実行結果

解りにくいかもしれませんが、mmrのオッズ比が12.037 (95%CI, 3.00226, 48.259)となりました。

 

次に示すのが論文で掲載された結果です。今回の集計結果と論文の結果で、小数点以下2桁くらいまでは一致しています。誤差範囲と考えられますので、今回試したRのSCCSパッケージが思ったように機能することが確認できました。投入する前のデータさえきちんとしていたら、使えそうだという印象を持ちました。

 

reference

1.
Whitaker H, Farrington C, Spiessens B, Musonda P. Tutorial in biostatistics: the self-controlled case series method. Stat Med. 2006;25(10):1768-1797. [PubMed]

WordPress Academic Blogger’s Toolkit

WordPress プラグインをインストールしたらホームページが見れなくなりました

 

プラグインの名前は “Academic Blogger’s Toolkit” ver 5.0.2 これまでが4.13.3だったのでメジャーな版数アップです。ちなみにWordpressは5.0.3。

エラーメッセージによると変数の宣言が受け付けられなくて、その後変数が無いために処理が滞っている模様。これはどうしようもないので、久しぶりにsftpでログインして、

~/public_html/wp-content/plugins/academic-bloggers-toolkit/

のディレクトリを削除して前のバージョンのプラグインに置き換えます。すると、何とか復旧しました。後になってサーバーの情報を確認すると、サーバーのPHP ver 5.6系だったのに対し、このプラグインはPHP ver 7.0 or higherを要求していました。ちゃんと調べてからアップデータしないといけないですね。

とりあえず自分の環境を忘れないように抜粋をメモメモ

CPU

Intel Xeon E5-2623 3.00GHz x2

メモリ

64GB

OS
Red Hat Enterprise Linux Server release 7.3(x86_64)
Apache
2.4系
GCC
4.8系
ruby
2系
Python
2.7系
PHP
5.6系
Perl
5.24
Java
J2SE8

 

 

インフルエンザ治療薬に耐性のインフルエンザウイルスのキャップ依存性エンドヌクレアーゼ

耐性ウイルス

新規インフルエンザ治療薬に耐性を持つというウイルスが、その新規治療薬を使用した患者さんから検出されたという事で、2018.1.25にニュースが流れました。その治療薬は、キャップ依存性エンドヌクレアーゼ (cap-dependent endonuclease) 阻害薬で、一般名バロキサビルマルボキシル (baloxavir marboxil) と呼ばれる医薬品です。ニュースではどういった検査をして「耐性」を確定したかは述べられていませんでした。ソースの情報によるとターゲット分子であるキャップ依存性エンドヌクレアーゼの変異であるPA I38T、I38F等を監視していることが述べられています。これらの変異はNCBIのデータベースに以前より存在していますので、普通に世の中にいるウイルスが持っていた変異だろうと思われます。そして、治験時には10%弱の被験者にこの変異が見られました。治験の情報によりますと、この変異を持っているウイルスにかかった被験者では、治療5日目、9日目にウイルスが検出された割合が野生型のウイルスにかかった被験者より高くなりました。1

この治験データで少し目に留まるのは、プラセボ治療群より変異ウイルスに対する実薬治療群の方がウイルスが検出される被験者の割合が高くなる様に見える点です。力価のグラフを見ていると、耐性ウイルスは一旦力価が低下した後、6日目あたりに再び力価が上昇するようなカーブを描いて見えます。これらのデータが、臨床的に深刻な問題なのかは何とも言えません。詳しく知りたい方は原著1販売メーカーの資材を見てご検討ください。

PAに耐性変異があると医薬品が全くPAと相互作用しないのか?

PA分子の結晶構造が公開されています2ので、これを利用し耐性のメカニズムに迫る。とか言うたいそうな話ではなく、とりあえず眺めてみました。黄色がbaloxavir acidです。(医薬品のbaloxavir marboxilとは、若干構造が違います)青が活性中心付近に側鎖を出しているアミノ酸残基。そして、ピンクが変異がある場所です。

野生型構造

PA I38T の耐性を有する構造

I38Tの変異があっても、作用点にbaloxavir acidが一見きちんとハマっているようです。水素結合を作っているであろう原子間の距離が微妙に違うので、ファンデルワールス力が違い、結合の強さに差が出るのかもしれません。科学的に厳密なディスカッションは、論文2をご確認ください。

お遊びで、いつもより多めに回してみました。

1.
Hayden F, Sugaya N, Hirotsu N, et al. Baloxavir Marboxil for Uncomplicated Influenza in Adults and Adolescents. N Engl J Med. 2018;379(10):913-923. [PubMed]
2.
Omoto S, Speranzini V, Hashimoto T, et al. Characterization of influenza virus variants induced by treatment with the endonuclease inhibitor baloxavir marboxil. Sci Rep. 2018;8(1):9633. [PubMed]
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