以前の方法じゃダメじゃん

RをアップデートしたらBioconductorのインストールも必要になったのですが、

> source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
> bioLite()

ではダメになっていましたので調べました。エラーメッセージではR versin 3.5からはbioLiteではなく、BiocManagerを使用するようにとなっています。

With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/instal

現在の方法

というわけでホームページで新しいbioconductorの導入方法を調べてインストールしました。次のようになりました。

> if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))  install.packages(“BiocManager”)
パッケージを ‘C:/Users/ganken-0309/Documents/R/win-library/3.6’ 中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないため)
URL ‘https://cloud.r-project.org/bin/windows/contrib/3.6/BiocManager_1.30.4.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 292998 bytes (286 KB)
downloaded 286 KB

パッケージ ‘BiocManager’ は無事に展開され、MD5 サムもチェックされました

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\ganken-0309\AppData\Local\Temp\RtmpymGsiN\downloaded_packages

> BiocManager::install(“LBE”)
Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installing package(s) ‘LBE’
URL ‘https://bioconductor.org/packages/3.9/bioc/bin/windows/contrib/3.6/LBE_1.52.0.zip’ を試しています
Content type ‘application/zip’ length 452641 bytes (442 KB)
downloaded 442 KB

package ‘LBE’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\ganken-0309\AppData\Local\Temp\RtmpymGsiN\downloaded_packages
installation path not writeable, unable to update packages: boot, foreign, mgcv, nlme