ソフトウェア

研究に利用しているソフトウェア・サービスの紹介ページです。

R

SやS-PLUSに似た統計処理パッケージ。中澤先生のTips青木先生のR による統計処理を参考にすればうまく使えるようになります。Rを使う一番のメリットはSASやSPSSと違い、無料で使用可能で、しかもプラットフォームを選ばないので、何処に行っても同じ環境を使えることです。ダウンロードはThe R Project for Statistical Computingから最新版をどうぞ。

下記RStudioの出現でなかなか利用しなくなりましたが、xyzzyから使いやすくするためのR-modeをManual of R-modeで公開しています。

RStudio

Rを快適に利用するためのIDEです。Pandocを用いたドキュメント作成機能(Rmarkdown)や、Gitとの連携機能は、昨今の研究環境においては非常に有用で、これからの共同研究に必須のツールになり得ると考えています。

RStudio Serverも運用中。思った以上に使いやすいが、所属大学のセキュリティの関係上、外からのアクセスはできないのが残念。

上記、RとRStudioの簡単なドキュメントを公開しています。

Visual Studio Code

Microsoft社製のエディタ。Rのスクリプト以外で管理が必要なテキストファイルを扱っています。HTML5を扱えるエディタを探していて見つけたが、Gitとの連携を含め、使いやすいので使い続けることにしました。

このドキュメントはまさにVisual Studio Codeで記述しています。

Git

バージョン管理ソフトウェア。もう手放せません。Rのコードも、HTMLも、とにかく管理が必要なテキストファイルはすべてGitで管理しています。

xyzzy

ウィンドウズで動作するフリーのエディタです。使い心地がもの凄く良く、卒論生の時に進められて以来手放せないでいます。いろいろカスタマイズし放題なところもおすすめポイントになります。亀井さんのWeb Siteからダウンロードができなくなってしまったので、現状だとxyzzyのgithubからダウンロードするのが妥当かと思います。

Manual of xyzzyというのを公開しているので興味のある方はどうぞ。

Mendeley

フリーの文献管理ソフトウェア。EndNoteと併用中。

Zulip

研究室の連絡用、プロジェクトの連絡用、研究グループの連絡用として運用している。オープンソースである安心感と、研究関係は申請し承認されればサポート(Standardプランへのアップグレード)を受けられるため、ほぼ完全に移行することにした。

Notion

Evernoteの代わりに使い始めたサービス。今のところ、使いやすいと思っているが、結局、こういう情報をストックするサービスの扱い方自体に迷っている。難しい。

Evernote

使い勝手が悪くなっていった&整理する時間がとれないので、結局、(アカウントは残すが)メインでの利用はやめることにした。

情報を集約していくためのソフトウェアであり、ウェブサービスです。ある程度使ってみて、慣れてきたら再構築というのを2回くらいは経験した方がうまく使いこなせると思います。ノートブックの作り方を統一するためにまとまった時間が取りたいと思っていますが、現状とれていないのが課題です。

Slack

自分が管理するワークスペースは家族の連絡用と過去にうちの研究室に在籍していたメンバーとの繋がりの維持としての運用のみに絞ることにした。

当初、情報のストックも謳っていたと思うが、セールスフォースに買収されて以降、手のひらを返し、とてもじゃないけど情報のストックには使えなくなった。研究室のコミュニケーションツール兼情報共有サービスとして用いていたが、情報共有サービスとしてはほとんど役に立たなくなったので、今後の運用を思案中。

いわゆるコミュニケーションツールです。研究室運営や、プロジェクトチームの運営には向いているが、無料プランだと10000メッセージしか保存できないのが弱点だと思います。有料プランを計画するか、メッセージを外部にうまく保存していく準備をするととても有用なツールになります。ただし、少し敷居が高いのか、スムーズに使ってくれるようになるためには、少し時間が必要かもしれません。