Observation Island – ページ 27 – Just another site of an observation scientist

ACP

Early Registration Discounts for Members – as low as $679 USD!

Posted on 2017年10月1日 by Oshima / 1件のコメント

As low asって、金額としては結構な感じです。
just $679っていうところも、割り切れない感じの金額でjustってどういうことよ。ちょうど512とか、256っていうのならわかるけど。

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ACP Meeting Discounts for Early Registration
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ACP’s Internal Medicine Meeting 2018 will be held in New Orleans, Louisiana from April 19-21, 2018. Register now to get:

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miscellaneous

Clinical Exchange Program at MD Anderson Cancer Center, University of Texas

Posted on 2017年9月30日 by Oshima / 0件のコメント

1996年テキサス大学のMDアンダーソンがんセンターにClinical Exchange Programで勉強に行った際に撮影した写真が出てきたので、掲載です。あまり仕事をしているような写真が残っていなかったのですが、病院内は撮影禁止で研修中の写真がありません。

20年以上前なのでお若いお二人。出国前に研究室でパチリ。今でもよく顔を合わせます。

miscellaneous

Tower of the sun

Posted on 2017年9月30日 by Oshima / 0件のコメント

子供がNHKのビジュチューンという番組の「保健室に太陽の塔」にはまっているが、確かになかなか面白いメッセージを伝えている。でも、そのメッセージは、井上さんが創ったメッセージというよりは岡本さんの元々のメッセージ。まぁ、良いか。この番組はそういう作品を紹介するというのが趣旨で、元のメッセージを伝えるという番組の役割に沿っている。

ふと思い出したことがある。テレビの番組で劇団ひとりがビートたけしのモノマネをして笑いを取っていたが、よく考えるとモノマネが面白かったのではなくて、ビートたけしの元ネタが面白かった。黙ってネタをやると単にパクッたことになるのだが、「モノマネ」だと宣言することで、単なる他人のネタの流用にはならないという、なかなかずる賢い感じになっていた。

初音ミクバージョンも公開されていますね。

miscellaneous

Analysis Specification for SCCS

Posted on 2017年9月29日 by Oshima / 1件のコメント

先日の解析で使用したSQL スクリプトです

コマンド	フィールド名	追加元・更新元
クエリ名	0010 SCCS_preprocess q
説　明
select_into	[0010 SCCS_preprocess]
select	Oxford.indiv
select	547 AS age
select	Oxford.start
select	Oxford.end
select	Oxford.exday
select	[exday]+14 AS ex1
select	[exday]+35 AS ex2
select	[ex1]-[start] AS l1a1
select	[age]-[start] AS l1a2
select	IIf([l1a1]>[l1a2],[l1a2],[l1a1]) AS l1a
select	[ex2]-[ex1] AS l1b1
select	[age]-[ex1] AS l1b2
select	IIf([l1b1]>[l1b2],[l1b2],[l1b1]) AS l1b
select	[age]-[ex2] AS l1c
select	[ex1]-[age] AS l2a
select	[ex2]-[ex1] AS l2b1
select	[ex2]-[age] AS l2b2
select	IIf([l2b1]>[l2b2],[l2b2],[l2b1]) AS l2b
select	[end]-[ex2] AS l2c1
select	[end]-[age] AS l2c2
select	IIf([l2c1]>[l2c2],[l2c2],[l2c1]) AS l2c
select	Oxford.eventday INTO [0010 SCCS_preprocess]
from	Oxford
クエリ名	0020 Event q
説　明
select_into	[0020 Event]
select	[0010 SCCS_preprocess].indiv
select	(([eventday]<[ex1]) And ([eventday]<[age])) AS El1a
select	([ex1]<[eventday]+1) And ([eventday]<[ex2]+1) And ([eventday]<[age]) AS El1b
select	([ex2]<[eventday]) And ([eventday]<[age]) AS El1c
select	([age]<[eventday]+1) And ([eventday]<[ex1]) AS El2a
select	([age]<[eventday]+1) And ([ex1]<[eventday]+1) And ([eventday]<[ex2]+1) AS El2b
select	([age]<[eventday]+1) And ([ex2]<[eventday]) AS El2c INTO [0020 Event]
from	[0010 SCCS_preprocess]
クエリ名	0030 L1A q
説　明
select_into	[0030 L1A]
select	Oxford.indiv
select	Abs([El1a]) AS event
select	[0010 SCCS_preprocess].l1a AS [interval]
select	1 AS agegr
select	0 AS exgr INTO [0030 L1A]
from	(Oxford INNER JOIN
from	[0010 SCCS_preprocess] ON
from	Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from	[0020 Event] ON
from	Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
クエリ名	0040 L1B q
説　明
select_into	[0040 L1B]
select	Oxford.indiv
select	Abs([El1b]) AS event
select	[0010 SCCS_preprocess].l1b AS [interval]
select	1 AS agegr
select	1 AS exgr
select	[ex2]>[Oxford]![start] AS term1
select	[Oxford]![end]>[ex1] AS rerm2 INTO [0040 L1B]
from	(Oxford INNER JOIN
from	[0010 SCCS_preprocess] ON
from	Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from	[0020 Event] ON
from	Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where	((([0010 SCCS_preprocess].l1b)>0) And
where	(([ex2]>[Oxford]![start])=True) And
where	(([Oxford]![end]>[ex1])=True))
クエリ名	0050 L1C q
説　明
select_into	[0050 L1C]
select	Oxford.indiv
select	Abs([El1c]) AS event
select	[0010 SCCS_preprocess].l1c AS [interval]
select	1 AS agegr
select	0 AS exgr INTO [0050 L1C]
from	(Oxford INNER JOIN
from	[0010 SCCS_preprocess] ON
from	Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from	[0020 Event] ON
from	Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where	((([0010 SCCS_preprocess].l1c)>0))
クエリ名	0060 L2A q
説　明
select_into	[0060 L2A]
select	Oxford.indiv
select	Abs([El2a]) AS event
select	[0010 SCCS_preprocess].l2a AS [interval]
select	2 AS agegr
select	0 AS exgr INTO [0060 L2A]
from	(Oxford INNER JOIN
from	[0010 SCCS_preprocess] ON
from	Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from	[0020 Event] ON
from	Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where	((([0010 SCCS_preprocess].l2a)>0))
クエリ名	0070 L2B q
説　明
select_into	[0070 L2B]
select	Oxford.indiv
select	Abs([El2b]) AS event
select	[0010 SCCS_preprocess].l2b AS [interval]
select	2 AS agegr
select	1 AS exgr
select	[ex2]>[Oxford]![start] AS term1
select	[Oxford]![end]>[ex1] AS rerm2 INTO [0070 L2B]
from	(Oxford INNER JOIN
from	[0010 SCCS_preprocess] ON
from	Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from	[0020 Event] ON
from	Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where	((([0010 SCCS_preprocess].l2b)>0) And
where	(([ex2]>Oxford!start)=True) And
where	((Oxford!end>[ex1])=True))
クエリ名	0080 L2C q
説　明
select_into	[0080 L2C]
select	Oxford.indiv
select	Abs([El2c]) AS event
select	[0010 SCCS_preprocess].l2c AS [interval]
select	2 AS agegr
select	0 AS exgr INTO [0080 L2C]
from	(Oxford INNER JOIN
from	[0010 SCCS_preprocess] ON
from	Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from	[0020 Event] ON
from	Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where	((([0010 SCCS_preprocess].l2c)>0))
クエリ名	0090 chopdat1A q
説　明
select_into	[0090 chopdat]
select	Oxford.indiv
select	[0030 L1A].event
select	[0030 L1A].interval
select	[0030 L1A].agegr
select	[0030 L1A].exgr
select	Log([interval]) AS loginterval INTO [0090 chopdat]
from	Oxford INNER JOIN
from	[0030 L1A] ON
from	Oxford.indiv = [0030 L1A].indiv
クエリ名	0100 chopdat1B q
説　明
insert	[0090 chopdat]	Oxford.indiv = [0040 L1B].indiv
field	indiv	← Oxford.[indiv]
field	event	← [0040 L1B].event
field	[interval]	← [0040 L1B].interval
field	agegr	← [0040 L1B].agegr
field	exgr	← [0040 L1B].exgr
field	loginterval	← Log([interval]) AS loginterfal
from	Oxford INNER JOIN
from	[0040 L1B] ON
from	Oxford.indiv = [0040 L1B].indiv
クエリ名	0110 chopdat1C q
説　明
insert	[0090 chopdat]	Oxford.indiv = [0050 L1C].indiv
field	indiv	← Oxford.[indiv]
field	event	← [0050 L1C].event
field	[interval]	← [0050 L1C].interval
field	agegr	← [0050 L1C].agegr
field	exgr	← [0050 L1C].exgr
field	loginterval	← Log([interval]) AS loginterfal
from	Oxford INNER JOIN
from	[0050 L1C] ON
from	Oxford.indiv = [0050 L1C].indiv
クエリ名	0120 chopdat2A q
説　明
insert	[0090 chopdat]	Oxford.indiv = [0060 L2A].indiv
field	indiv	← Oxford.[indiv]
field	event	← [0060 L2A].event
field	[interval]	← [0060 L2A].interval
field	agegr	← [0060 L2A].agegr
field	exgr	← [0060 L2A].exgr
field	loginterval	← Log([interval]) AS loginterfal
from	Oxford INNER JOIN
from	[0060 L2A] ON
from	Oxford.indiv = [0060 L2A].indiv
クエリ名	0130 chopdat2B q
説　明
insert	[0090 chopdat]	Oxford.indiv = [0070 L2B].indiv
field	indiv	← Oxford.[indiv]
field	event	← [0070 L2B].event
field	[interval]	← [0070 L2B].interval
field	agegr	← [0070 L2B].agegr
field	exgr	← [0070 L2B].exgr
field	loginterval	← Log([interval]) AS loginterfal
from	Oxford INNER JOIN
from	[0070 L2B] ON
from	Oxford.indiv = [0070 L2B].indiv
クエリ名	0140 chopdat L2C q
説　明
insert	[0090 chopdat]	Oxford.indiv = [0080 L2C].indiv
field	indiv	← Oxford.[indiv]
field	event	← [0080 L2C].event
field	[interval]	← [0080 L2C].interval
field	agegr	← [0080 L2C].agegr
field	exgr	← [0080 L2C].exgr
field	loginterval	← Log([interval]) AS loginterfal
from	Oxford INNER JOIN
from	[0080 L2C] ON
from	Oxford.indiv = [0080 L2C].indiv
クエリ名	0150 chopdat q
説　明
select_into	[0150 chopdat]
select	[0090 chopdat].indiv
select	[0090 chopdat].event
select	[0090 chopdat].interval
select	[0090 chopdat].agegr
select	[0090 chopdat].exgr
select	Round([0090 chopdat]![loginterval],6) AS loginterval INTO [0150 chopdat]
from	[0090 chopdat]
order by	[0090 chopdat].indiv

ACP

RFC seminar

Posted on 2017年9月29日 by Oshima / 0件のコメント

セミナーが開催されます

miscellaneous

Walls have ears

Posted on 2017年9月29日 by Oshima / 0件のコメント

雑居ビルで仕事をしていると、いろいろな会社のヒトとエレベーターで一緒になることがあります。中には、だれでも知っているような有名企業もそのビルに入っていて、その取引先の名前もまた大手であったりすると、何を話しているのかがなんとなく解ることがあります。今日もそんなおばはん方の会話が聞こえてきました。「ビジョヤジューの広告をデンツーで…」会話の内容は、広告を打つ担当者がその費用を処理するのに、費目を間違えて申請して偉い人までそのまま承認していて手間がかかるとかいう愚痴のような感じでしたが、君たち気づいていないだろうが、「ビジョヤジュー」って「と」を抜くことですごく言い易くなる訳でもなく、素早く言えてる訳でもないよ。それにしても、その業界の広告費ってすごい金額なのね～

miscellaneous

BRASS HEXAGON

Posted on 2017年9月28日 by Oshima / 0件のコメント

1年前に聞いたブラスヘキサゴンと東京6人組。いづれもレベルの高い演奏で、堪能できました。

ACP

Follow-up for hepatitis B

Posted on 2017年9月28日 by Oshima / 0件のコメント

HBsAg陽性、いわゆるキャリア患者さんのフォローをどうするか、という問題です。

miscellaneous/Science

self-controlled case series (SCCS) – (2)

Posted on 2017年9月28日 by Oshima / 4件のコメント

前回のおはなし

1. SCCSを再び

SCCSを自分なりにもう一度噛み砕いて計算の流れを納得した上で、それが間違っていないことを確認したいというのが目的再び挑戦です。前回使用した他人さまの書いたプログラムを参考に、計算の細かい考え方がわかったところで、もう一度どういう計算が必要かを考えています。始めは写真のような、手書きのスケッチで考え方を整理。

2．R→SQL

他人様の書いたRスクリプトを、SQLで表現しなおして、中間テーブルのデータを比較。結果を出力すると、正しいスクリプトだと38行になるところが、今回作成したスクリプトでは39行に？観察期間外にワクチンが接種された患者さんがいることを考慮した例外処理を含め忘れていました。

そんなこんなで、例外処理をするスクリプトを加えた結果が次の写真です。logの有効桁数が違うけどそれ以外内容は同じになりました。

3. 中間テーブルは一致したが…

上の通り、中間テーブルは一致しましたが、オッズ比が一致しません…そんな馬鹿な？しかも、だいたい同じくらいになるんだけど、微妙に不一致。

自分の集計結果：

論文の集計結果：

４．桁数が減っている？？？

いろいろ調べていると、SQL出力をcsvファイルにして、それをRに取り込んだところでデータの桁数（小数点以下）が減っています。元々小数点以下6桁あったはずなのに、2ケタに丸められています。何でこういうことになるのでしょうか？　読み込むRのread.csv関数の設定か？　はたまた、読み込んだ後にdata.frameにするところで、宣言しなくてはいけないのか？

う