本学会の前身は1985年（昭和60年）に発足した「皮膚悪性腫瘍研究会」です。その第1回学術大会は同年6月16日、初代理事長を務めた川村太郎東大名誉教授を会長として東京プレスセンターホールで開催されました。翌年には機関誌“Skin Cancer”が創刊されました。1987年の第3回学術大会時に「日本皮膚悪性腫瘍学会」と改称され、今日までこの名称を維持しています。初代理事長以後、石原和之国立がんセンター皮膚科医長（当時）、池田重雄埼玉医大教授（当時）、斎田俊明信州大学教授（当時）、大塚藤男筑波大学教授（当時）が理事長を務めました。この間、2002年に、日本皮膚悪性腫瘍学会（理事長：斎田俊明信州大学教授）と日本皮膚リンフォーマ研究学会（代表世話人：瀧川雅浩浜松医大教授）とが合併し、新しい日本皮膚悪性腫瘍学会として皮膚悪性腫瘍の柱の一つ「皮膚リンパ腫」を対象疾患に加えて学会活動を進めてきました。会員数の増加にともない、前理事長土田哲也埼玉医大教授の任期中である2014年8月に本学会は一般社団法人となりました。2017年に前理事長・尹浩信・熊本大学教授（当時）、2020年に現理事長・奥山隆平・信州大学教授へと引き継がれ、今日に至ります。このように本学会は四半世紀の歴史とともに活動し、発展しています。