ACP

Early Registration Discounts for Members – as low as $679 USD!

Posted on by Oshima / 1件のコメント

As low asって、金額としては結構な感じです。
just $679っていうところも、割り切れない感じの金額でjustってどういうことよ。ちょうど512とか、256っていうのならわかるけど。

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ACP Meeting Discounts for Early Registration
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miscellaneous

Clinical Exchange Program at MD Anderson Cancer Center, University of Texas

Posted on by Oshima / 0件のコメント

1996年 テキサス大学のMDアンダーソンがんセンターにClinical Exchange Programで勉強に行った際に撮影した写真が出てきたので、掲載です。あまり仕事をしているような写真が残っていなかったのですが、病院内は撮影禁止で研修中の写真がありません。

 

miscellaneous

Tower of the sun

Posted on by Oshima / 0件のコメント

子供がNHKのビジュチューンという番組の「保健室に太陽の塔」にはまっているが、確かになかなか面白いメッセージを伝えている。でも、そのメッセージは、井上さんが創ったメッセージというよりは岡本さんの元々のメッセージ。まぁ、良いか。この番組はそういう作品を紹介するというのが趣旨で、元のメッセージを伝えるという番組の役割に沿っている。

ふと思い出したことがある。テレビの番組で劇団ひとりがビートたけしのモノマネをして笑いを取っていたが、よく考えるとモノマネが面白かったのではなくて、ビートたけしの元ネタが面白かった。黙ってネタをやると単にパクッたことになるのだが、「モノマネ」だと宣言することで、単なる他人のネタの流用にはならないという、なかなかずる賢い感じになっていた。

初音ミクバージョンも公開されていますね。

miscellaneous

Analysis Specification for SCCS

Posted on by Oshima / 1件のコメント

先日の解析で使用したSQL スクリプトです

コマンド フィールド名 追加元・更新元
クエリ名 0010 SCCS_preprocess q
説　明
select_into [0010 SCCS_preprocess]
select Oxford.indiv
select 547 AS age
select Oxford.start
select Oxford.end
select Oxford.exday
select [exday]+14 AS ex1
select [exday]+35 AS ex2
select [ex1]-[start] AS l1a1
select [age]-[start] AS l1a2
select IIf([l1a1]>[l1a2],[l1a2],[l1a1]) AS l1a
select [ex2]-[ex1] AS l1b1
select [age]-[ex1] AS l1b2
select IIf([l1b1]>[l1b2],[l1b2],[l1b1]) AS l1b
select [age]-[ex2] AS l1c
select [ex1]-[age] AS l2a
select [ex2]-[ex1] AS l2b1
select [ex2]-[age] AS l2b2
select IIf([l2b1]>[l2b2],[l2b2],[l2b1]) AS l2b
select [end]-[ex2] AS l2c1
select [end]-[age] AS l2c2
select IIf([l2c1]>[l2c2],[l2c2],[l2c1]) AS l2c
select Oxford.eventday INTO [0010 SCCS_preprocess]
from Oxford
クエリ名 0020 Event q
説　明
select_into [0020 Event]
select [0010 SCCS_preprocess].indiv
select (([eventday]<[ex1]) And ([eventday]<[age])) AS El1a
select ([ex1]<[eventday]+1) And ([eventday]<[ex2]+1) And ([eventday]<[age]) AS El1b
select ([ex2]<[eventday]) And ([eventday]<[age]) AS El1c
select ([age]<[eventday]+1) And ([eventday]<[ex1]) AS El2a
select ([age]<[eventday]+1) And ([ex1]<[eventday]+1) And ([eventday]<[ex2]+1) AS El2b
select ([age]<[eventday]+1) And ([ex2]<[eventday]) AS El2c INTO [0020 Event]
from [0010 SCCS_preprocess]
クエリ名 0030 L1A q
説　明
select_into [0030 L1A]
select Oxford.indiv
select Abs([El1a]) AS event
select [0010 SCCS_preprocess].l1a AS [interval]
select 1 AS agegr
select 0 AS exgr INTO [0030 L1A]
from (Oxford INNER JOIN
from [0010 SCCS_preprocess] ON
from Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from [0020 Event] ON
from Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
クエリ名 0040 L1B q
説　明
select_into [0040 L1B]
select Oxford.indiv
select Abs([El1b]) AS event
select [0010 SCCS_preprocess].l1b AS [interval]
select 1 AS agegr
select 1 AS exgr
select [ex2]>[Oxford]![start] AS term1
select [Oxford]![end]>[ex1] AS rerm2 INTO [0040 L1B]
from (Oxford INNER JOIN
from [0010 SCCS_preprocess] ON
from Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from [0020 Event] ON
from Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where ((([0010 SCCS_preprocess].l1b)>0) And
where (([ex2]>[Oxford]![start])=True) And
where (([Oxford]![end]>[ex1])=True))
クエリ名 0050 L1C q
説　明
select_into [0050 L1C]
select Oxford.indiv
select Abs([El1c]) AS event
select [0010 SCCS_preprocess].l1c AS [interval]
select 1 AS agegr
select 0 AS exgr INTO [0050 L1C]
from (Oxford INNER JOIN
from [0010 SCCS_preprocess] ON
from Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from [0020 Event] ON
from Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where ((([0010 SCCS_preprocess].l1c)>0))
クエリ名 0060 L2A q
説　明
select_into [0060 L2A]
select Oxford.indiv
select Abs([El2a]) AS event
select [0010 SCCS_preprocess].l2a AS [interval]
select 2 AS agegr
select 0 AS exgr INTO [0060 L2A]
from (Oxford INNER JOIN
from [0010 SCCS_preprocess] ON
from Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from [0020 Event] ON
from Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where ((([0010 SCCS_preprocess].l2a)>0))
クエリ名 0070 L2B q
説　明
select_into [0070 L2B]
select Oxford.indiv
select Abs([El2b]) AS event
select [0010 SCCS_preprocess].l2b AS [interval]
select 2 AS agegr
select 1 AS exgr
select [ex2]>[Oxford]![start] AS term1
select [Oxford]![end]>[ex1] AS rerm2 INTO [0070 L2B]
from (Oxford INNER JOIN
from [0010 SCCS_preprocess] ON
from Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from [0020 Event] ON
from Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where ((([0010 SCCS_preprocess].l2b)>0) And
where (([ex2]>Oxford!start)=True) And
where ((Oxford!end>[ex1])=True))
クエリ名 0080 L2C q
説　明
select_into [0080 L2C]
select Oxford.indiv
select Abs([El2c]) AS event
select [0010 SCCS_preprocess].l2c AS [interval]
select 2 AS agegr
select 0 AS exgr INTO [0080 L2C]
from (Oxford INNER JOIN
from [0010 SCCS_preprocess] ON
from Oxford.indiv = [0010 SCCS_preprocess].indiv) INNER JOIN
from [0020 Event] ON
from Oxford.indiv = [0020 Event].indiv
where ((([0010 SCCS_preprocess].l2c)>0))
クエリ名 0090 chopdat1A q
説　明
select_into [0090 chopdat]
select Oxford.indiv
select [0030 L1A].event
select [0030 L1A].interval
select [0030 L1A].agegr
select [0030 L1A].exgr
select Log([interval]) AS loginterval INTO [0090 chopdat]
from Oxford INNER JOIN
from [0030 L1A] ON
from Oxford.indiv = [0030 L1A].indiv
クエリ名 0100 chopdat1B q
説　明
insert [0090 chopdat] Oxford.indiv = [0040 L1B].indiv
field indiv ← Oxford.[indiv]
field event ← [0040 L1B].event
field [interval] ← [0040 L1B].interval
field agegr ← [0040 L1B].agegr
field exgr ← [0040 L1B].exgr
field loginterval ← Log([interval]) AS loginterfal
from Oxford INNER JOIN
from [0040 L1B] ON
from Oxford.indiv = [0040 L1B].indiv
クエリ名 0110 chopdat1C q
説　明
insert [0090 chopdat] Oxford.indiv = [0050 L1C].indiv
field indiv ← Oxford.[indiv]
field event ← [0050 L1C].event
field [interval] ← [0050 L1C].interval
field agegr ← [0050 L1C].agegr
field exgr ← [0050 L1C].exgr
field loginterval ← Log([interval]) AS loginterfal
from Oxford INNER JOIN
from [0050 L1C] ON
from Oxford.indiv = [0050 L1C].indiv
クエリ名 0120 chopdat2A q
説　明
insert [0090 chopdat] Oxford.indiv = [0060 L2A].indiv
field indiv ← Oxford.[indiv]
field event ← [0060 L2A].event
field [interval] ← [0060 L2A].interval
field agegr ← [0060 L2A].agegr
field exgr ← [0060 L2A].exgr
field loginterval ← Log([interval]) AS loginterfal
from Oxford INNER JOIN
from [0060 L2A] ON
from Oxford.indiv = [0060 L2A].indiv
クエリ名 0130 chopdat2B q
説　明
insert [0090 chopdat] Oxford.indiv = [0070 L2B].indiv
field indiv ← Oxford.[indiv]
field event ← [0070 L2B].event
field [interval] ← [0070 L2B].interval
field agegr ← [0070 L2B].agegr
field exgr ← [0070 L2B].exgr
field loginterval ← Log([interval]) AS loginterfal
from Oxford INNER JOIN
from [0070 L2B] ON
from Oxford.indiv = [0070 L2B].indiv
クエリ名 0140 chopdat L2C q
説　明
insert [0090 chopdat] Oxford.indiv = [0080 L2C].indiv
field indiv ← Oxford.[indiv]
field event ← [0080 L2C].event
field [interval] ← [0080 L2C].interval
field agegr ← [0080 L2C].agegr
field exgr ← [0080 L2C].exgr
field loginterval ← Log([interval]) AS loginterfal
from Oxford INNER JOIN
from [0080 L2C] ON
from Oxford.indiv = [0080 L2C].indiv
クエリ名 0150 chopdat q
説　明
select_into [0150 chopdat]
select [0090 chopdat].indiv
select [0090 chopdat].event
select [0090 chopdat].interval
select [0090 chopdat].agegr
select [0090 chopdat].exgr
select Round([0090 chopdat]![loginterval],6) AS loginterval INTO [0150 chopdat]
from [0090 chopdat]
order by [0090 chopdat].indiv
miscellaneous

Walls have ears

Posted on by Oshima / 0件のコメント

雑居ビルで仕事をしていると、いろいろな会社のヒトとエレベーターで一緒になることがあります。中には、だれでも知っているような有名企業もそのビルに入っていて、その取引先の名前もまた大手であったりすると、何を話しているのかがなんとなく解ることがあります。今日もそんなおばはん方の会話が聞こえてきました。「ビジョヤジューの広告をデンツーで…」会話の内容は、広告を打つ担当者がその費用を処理するのに、費目を間違えて申請して偉い人までそのまま承認していて手間がかかるとかいう愚痴のような感じでしたが、君たち気づいていないだろうが、「ビジョヤジュー」って「と」を抜くことですごく言い易くなる訳でもなく、素早く言えてる訳でもないよ。それにしても、その業界の広告費ってすごい金額なのね～

miscellaneous/Science

self-controlled case series (SCCS) – (2)

Posted on by Oshima / 5件のコメント
前回のおはなし

1. SCCSを再び

SCCSを自分なりにもう一度噛み砕いて計算の流れを納得した上で、それが間違っていないことを確認したいというのが目的再び挑戦です。前回使用した他人さまの書いたプログラムを参考に、計算の細かい考え方がわかったところで、もう一度どういう計算が必要かを考えています。始めは写真のような、手書きのスケッチで考え方を整理。

2．R→SQL

他人様の書いたRスクリプトを、SQLで表現しなおして、中間テーブルのデータを比較。結果を出力すると、正しいスクリプトだと38行になるところが、今回作成したスクリプトでは39行に？観察期間外にワクチンが接種された患者さんがいることを考慮した例外処理を含め忘れていました。

そんなこんなで、例外処理をするスクリプトを加えた結果が次の写真です。logの有効桁数が違うけどそれ以外内容は同じになりました。

 

3.  中間テーブルは一致したが…

上の通り、中間テーブルは一致しましたが、オッズ比が一致しません…そんな馬鹿な？しかも、だいたい同じくらいになるんだけど、微妙に不一致。

自分の集計結果：

論文の集計結果：

 

４．桁数が減っている？？？

いろいろ調べていると、SQL出力をcsvファイルにして、それをRに取り込んだところでデータの桁数（小数点以下）が減っています。元々小数点以下6桁あったはずなのに、2ケタに丸められています。何でこういうことになるのでしょうか？　読み込むRのread.csv関数の設定か？　はたまた、読み込んだ後にdata.frameにするところで、宣言しなくてはいけないのか？

う

5.　SQLの集計の出力がおかしい

結局読み取り側の問題ではなく、書き出しに問題ありでした。書き出しの際には、Windowsのコントロールパネルの言語設定のところから桁数を2 -> 6　と大きくすることが必要だということです。

 

6. めでたしめでたし

ちゃんとSQLのデータを吐き出すことに成功し、読み取って計算すると、論文のデータと一致しました。だいぶ理解が深まってきたぞ。

スクリプトはこちら

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