本学会は、人間の免疫系も含め、動植物の異物認識から排除に至る生体防御のメカニズムを「比較」という研究手段を通して理解し、生命体の異物排除に関与する免疫現象の特殊性と一般性を明らかにすることを目指している。

本学会は国際比較免疫学会（ISDCI）との交流並びにアジア・オセアニア地区研究者との交流も図っており、比較免疫学分野の研究の進歩に役割を果たしている。