Rはパッケージをインストールすることでどんどん拡張していくことができます。解析によってはパッケージをインストールしないとできないものもあるので、一通りパッケージのインストールやアップデートはできるようにしましょう。
最近は、CRANだけでなく、Githubからインストールするパッケージもありますが、Githubのパッケージは、特に審査を経たものではないことに注意してください。とても有用なものが多く紹介され、日々アップデートしていくさまは魅力的ですが、自分でパッケージの内容についてしっかりと吟味できるようになるまでは、CRANからインストール可能なパッケージに限定した方がよいと思います。
パッケージのインストールはRからもRStudioからもできます。RStudioをインストールした人は、RStudioからインストールすると簡単なのでそちらを利用するとよいでしょう（Rからのインストールも難しいわけではありません）。
RStudioからインストールする方法下記の通りです。
注意点：「install dependencies」にちゃんとチェックを入れておくこと
Tools > Global Options > PackagesでCRAN Mirrorも設定できます。
パッケージのアップデートもR、RStudioのどちらからでもできます。普段のアップデートは特に気にするものではありませんが、Rのバージョンアップに伴ってアップデートを行う際には、Rのバージョンアップの程度（メジャーバージョンアップかマイナーバージョンアップか）によって、方法が変わってしまうことに少し注意が必要となります。
Rをメジャーバージョンアップした際には、普段と異なる方法が必要となります。