小児科の様々な分野を幅広くカバーするためぶそれぞれの施設が得意な専門領域を持ち、施設間で患者を紹介しあいながら診療を行っています。そのため研修施設には必ず特色があります。専門研修プログラムではこれらの施設をローテートすることで小児科専門医が経験するべき疾患のほぼすべてを研修することができます。

小児夜間救急医療では熊本方式として全国的に知られている開業医参加型の救急診療を行っています。それによって基幹施設、連携施設では2〜3次医療に集中することができ、また、市内の数カ所の拠点病院では指導医のもとで夜間救急を経験することもできます。

熊本地震では、いち早く子どものこころの診療についての勉強会を開催しました。また普段から神経、内分泌、血液、腎臓など多くの専門領域の勉強会が開催されていて、専攻医はどの勉強会にも自由に参加できます。さらに、New England Journal of Medicineの症例レポートの抄読会や、研究志向の抄読会などにも多く専攻医が参加しています。