本学会では耳鼻咽喉科・頭頸部外科領域及びその関連領域に関する免疫学，アレルギー学，及び感染症学の発展に貢献した会員を対象とする４つの賞を設けました。これらの賞を設けることによって，学術研究や診療に対する学会員のモチベーションの向上につなげたいと考えています。

１特別賞

国内のみならず，国際的に高く評価される卓越した基礎研究あるいは臨床研究の業績を有し，同分野における本邦の地位の向上に寄与した会員を対象とする。

２学会賞

顕著な基礎研究または臨床研究の業績を有し，将来，本分野の発展に大いに貢献することが期待される会員を対象とする。

３奨励賞

前身の日本耳鼻咽喉科免疫アレルギー学会から継承した賞で，若手会員の育成を目的とする。

４優秀論文賞

本学会誌に掲載された優秀な和文論文と英文論文の２論文を対象とする。