悪性中皮腫および肺腺癌のセルブロックにおけるDNA/RNA質評価

悪性中皮腫の病理診断には免疫組織化学染色が有用であるが、腫瘍の性質上、胸水、腹水などの体腔液に腫瘍細胞が含まれることが多く、セルブロックによる解析が重要です。
種々の作成条件による遺伝子解析の可能性についてNGS解析まで検討しました。

Evaluation of DNA/RNA quality from cell block of malignant mesothelioma and lung adenocarcinoma
Shigenobu Tatsumi, Mao Takeuchi, Tomomi Fujii, Aya Sugimoto, Yoko Sekita-Hatakeyama, Takeshi Nishikawa, Tomoko Uchiyama, Kohei Morita, Hiroe Itami, Maiko Takeda, Masaharu Yamazaki, Chiho Ohbayashi

Diagn Cytopathol. 2022 Jun;50(6):273-283. doi: 10.1002/dc.24960

FFPEを用いた肉腫の融合遺伝子検出の検討

肉腫は頻度が低い悪性腫瘍ですが、多彩な組織型があり、腫瘍特異的な融合遺伝子の検出が診断の有力な手段となります。
そこで、様々な期間保存されたFFPE検体を用いて、RNAを抽出し、4200Tapestation(Agilent社）でRNAの分解度を評価しました。
NGS解析が可能と判断した症例について、Archer FusionPlex Sarcoma Panelを用いて、NGS解析を行いました。
その結果、90％の症例がライブラリー調整に成功したものの、一部は断片化が強く、ライブアリーを得ることができませんでした。
FFPEの保管状況がRNA抽出の効率に大きく影響しますが、良好に保存することで、NGSによる染色体転座の検出が可能になることが示されました。

Identification of fusion transcripts in sarcoma from archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues: a next-generation sequencing approach
Tomomi Fujii, Maiko Takeda, Tomoko Uchiyama, Yuji Nitta, Katsuya Maebou, Chiyoko Terada, Fumi Okada, Minami Matsuoka, Sumire Sugimoto, Shoh Sasaki, Kohei Morita, Hiroe Itami, Makito Miyake, Masayuki Takeda, Noriyoshi Sawabata, Kiyohide Fujimoto, Chiho Ohbayashi
Pathology International, 2022, In press

肺腺癌におけるコンパニオン診断の一つ、EGFR遺伝子変異検出は、日常検査では肺生検もしくは手術材料由来のFFPE組織を用います。しかしながら、非侵襲的に採取できる喀痰の液状細胞診（liquid based cytology; LBC）検体から核酸抽出が可能であれば、非常に有用な検査法となります。そこで、喀痰中の腫瘍細胞におけるEGFR変異遺伝子の検出感度について検討しました。遺伝子変異の検出感度は通常のPCR法においても次世代シークエンサーにおいても目視による検出感度よりも落ちる傾向はありますが、喀痰を用いた遺伝子毛解析でもEGFR遺伝子変異検出においては十分有用性があるという結果が得られました。

Molecular Analysis of Liquid-Based Cytological Specimen Using Virtually Positive Sputum with Adenocarcinoma Cells.
Nishikawa T, Fujii T, Tatsumi S, Sugimoto A, Sekita-Hatakeyama Y, Shimada K, Yamazaki M, Hatakeyama K, Ohbayashi C.
Diagnostics (Basel). 2020 Feb 5;10(2):84. doi: 10.3390/diagnostics10020084.
PMID: 32033355

喀痰LBC検体を用いた肺腺癌におけるEGFR遺伝子変異検出の検討

年単位で保管されているFFPE検体からのDNA、RNA抽出が近年のがん遺伝子パネル検査では必要とされています。そこで、当施設で摘出されて作成されたFFPEからの核酸抽出においてDNA、RNAの品質を次世代シークエンサーによるパネル解析の可能性も含めて検討しました。過去4年までは良好な結果が得られました。

Evaluation of DNA and RNA quality from archival formalin-fixed paraffin-embedded tissue for next-generation sequencing - Retrospective study in Japanese single institution.
Fujii T, Uchiyama T, Matsuoka M, Myojin T, Sugimoto S, Nitta Y, Okabe F, Sugimoto A, Sekita-Hatakeyama Y, Morita K, Itami H, Hatakeyama K, Ohbayashi C.
Pathol Int. 2020 Sep;70(9):602-611. doi: 10.1111/pin.12969. Epub 2020 Jun 15.
PMID: 32542983

FFPE検体を用いた核酸抽出の検討

細胞株を液状細胞診で用いる固定液で処理後のDNA、RNA抽出の効率を定量的PCR法で評価しました。アルコールベースの固定液では良好な核酸抽出が可能ですが、ホルマリンが含まれる固定液ではDNA、RNAの抽出効率が低下しました。

Evaluation of RNA and DNA extraction from liquid-based cytology specimens.
Fujii T, Asano A, Shimada K, Tatsumi Y, Obayashi C, Konishi N.
Diagn Cytopathol. 2016 Oct;44(10):833-40. doi: 10.1002/dc.23524. Epub 2016 Jun 30
PMID: 27357064

LBC検体における核酸抽出の効率の検討