cellxgeneによるscRNAデータの共有

single cellのデータで、例えば何かの遺伝子の発現分布を見るといった単純なことでも、それなりのセットアップが必要なため、なかなか共有するのも簡単ではありません。webでデータが見られるcellxgeneが意外と使いやすかったので、備忘録ついでに。

cellxgene

データは基本的にはScanpyのanndata形式となるようです。

Seuratからはloomファイルを介して２段階でanndata形式へ変換するか、sceasyで直接変換することになります。

sceasyが簡単ですが、あまり細かな指定はできないようです。count dataはdefault assayの指定にかかわらずseurat_object@assays$RNA@dataに入っているものが変換されるようなので、必要に応じてSeuratでここにデータを入れるか、Scanpyで修正するかになります。

また、そのまま変換データをcellxgeneで開くとidentityが表示されないことがあるようです。なぜか一度Scanpyで開いて、anndataを保存すると見えるようになります。何かデータ形式の指定がうまく行っていないのだと思いますが、詳細は調べていません。

複数データセットの中からcellxgeneで開くファイルを指定できるCellxgene Gatewayが便利です。

ラボ内での共有はこれで十分なのですが、外部からも見られるようにするのはちょっと手間です。 これはngrokが便利でした。とりあえずの利用には十分かなと思います。