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--- 2024年東京都立青山高等学校実習 [2024/10/14 16:12] – 作成 oshikane
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 例えばヒトヘモグロビンα-subunitのアミノ酸配列であれば：
-    > Homo sapiens_Haemoglobin alpha subunit
+    >Homo sapiens_Haemoglobin alpha subunit
     MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
-などとします
+などとします。
+===Multiple Alignment===
+複数の配列を比較したいので、FASTA形式を1つのプレインテキストに幾つも貼り付けます。
+ちょうどClustal Ωに"Use the Example"というボタンがありますので、これを使ってみると、次のFASTA形式の配列が出てきます。
+    >sp|P69905|HBA_HUMAN Hemoglobin subunit alpha OS=Homo sapiens GN=HBA1 PE=1 SV=2
+    MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
+    >sp|P01942|HBA_MOUSE Hemoglobin subunit alpha OS=Mus musculus GN=Hba PE=1 SV=2
+    MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTTKTYFPHFDVSHGSAQVKGHGKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPADFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
+    >sp|P13786|HBAZ_CAPHI Hemoglobin subunit zeta OS=Capra hircus GN=HBZ1 PE=3 SV=2
+    MSLTRTERTIILSLWSKISTQADVIGTETLERLFSCYPQAKTYFPHFDLHSGSAQLRAHGSKVVAAVGDAVKSIDNVTSALSKLSELHAYVLRVDPVNFKFLSHCLLVTLASHFPADFTADAHAAWDKFLSIVSGVLTEKYR
+配列を貼り付けるウィンドウの下にある"Output"の項は、デフォルトであるClustalW with character outputのまま、Titleは自分に分かる適当なJob titleにして下さい。
+それで"Submit"を押すと、あとは似てる・似てないの計算をしてくれ、そこから分子系統樹まで作成してくれます。
+===結果を見る===
+tool outputのタブが、生ファイルになります（alnファイル）。
+alignmentsのタブが、各アミノ酸残基同士で似てる・似てないをした結果を画にして表したものです。
+次にphylogenetic treeというタブがありますが、これが系統樹になります。距離が近すぎると思いますので、適宜上の矢印ボタンを使って表示させてみて下さい。
+----
+====ヘモグロビンαサブユニット====
+☞{{ :highschool:hemoglobin_fasta.docx |このファイル}}を使用して下さい。
+    >Hemoglobin subunit alpha Homo sapiens
+    MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
+    >Hemoglobin subunit alpha Pan troglodytes
+    MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
+    >Hemoglobin subunit alpha Macaca mulatta
+    MVLSPADKTNVKAAWGKVGGHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTLAVGHVDDMPQALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
+    >Hemoglobin subunit alpha Oryctolagus cuniculus
+    MVLSPADKTNIKTAWEKIGSHGGEYGAEAVERMFLGFPTTKTYFPHFDFTHGSEQIKAHGKKVSEALTKAVGHLDDLPGALSTLSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLANHHPSEFTPAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
+    >Hemoglobin subunit alpha Bos taurus
+    MVLSAADKGNVKAAWGKVGGHAAEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGAKVAAALTKAVEHLDDLPGALSELSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHSLLVTLASHLPSDFTPAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR
+    >Hemoglobin subunit alpha Rattus norvegicus
+    MVLSADDKTNIKNCWGKIGGHGGEYGEEALQRMFAAFPTTKTYFSHIDVSPGSAQVKAHGKKVADALAKAADHVEDLPGALSTLSDLHAHKLRVDPVNFKFLSHCLLVTLACHHPGDFTPAMHASLDKFLASVSTVLTSKYR
+    >Hemoglobin subunit alpha Xenopus tropicalis
+    MHLTADDKKHIKAIWPSVAAHGDKYGGEALHRMFMCAPKTKTYFPDFDFSEHSKHILAHGKKVSDALNEACNHLDNIAGCLSKLSDLHAYDLRVDPGNFPLLAHQILVVVAIHFPKQFDPATHKALDKFLVSVSNVLTSKYR