Ethics and the Legalization of Physician-Assisted Suicide: An American College of Physicians Position Paper

医師による自殺のほう助についてのポジションペーパーです。日本では終活として、尊厳死・安楽死の言葉もあいまいなまま議論がなされているような状況ですが、米国でのこの議論は一歩先を行きます。この記事でちょっと気になったのが、米国では自殺や自殺未遂は犯罪ではないという件があります。これまで、犯罪かどうかという観点で考えたこともなかったので、新鮮です。さらに、医師による自殺ほう助は犯罪である。しかし、ニューメキシコ州では無罪という判断がなされたものの、これは上級審で否定されたという話も、そういう論点での裁判所の判断を目にしたことがなかったです。

ACP Japan Chapter

ACP Japan Chapterの投稿をシェアいたします。リンク先のさらにリンク先の英語のサイトは登録ユーザー以外は見ることができないかもしれませんので、少しだけ補足しますと、9月は特に女性医師のこのパスウェイでのフェロー昇格を推奨していて、ACPのメンバー以外からの直接FACPへの昇格もあるということです。日本人は自ら手を挙げるようなことが苦手かもしれませんので、周りでFACPにふさわしいと思われるような女医さんがいらっしゃいましたら、周囲の方が積極的に背中を推してあげてください。
(PRC委員長 大島康雄)

β-d-Glucan Testing Is Important for Diagnosis of Invasive Fungal Infections

β-d-グルカンと言えば、感染リスクの高いあるいは状態の悪い患者さんにする検査のイメージがありますが、この食品では健康食品のようなイメージで、βグルカンと書いています。微妙です。時々、カビが生えているような感じがしないのに検査値だけ上がるような方がおられました。こういった食品が影響しているのでしょうかね?

iPodから送信

molecular model picture

1992年ころ、東京大学医科学研究所の白金通り[通称プラチナ通り]側の一角にピカッピカのプレハブの建物が建ちました。鳴り物入りで始まったヒトゲノム計画を担うヒトゲノム解析センターです。それまでは、医科学研究所では遺伝子解析にVMS社のVAXコンピュータで使用するGCGというソフトウェアが提供されていました。ヒトゲノム解析センターが稼働し始め、九州大学RIFISから鈴木さんという方がいらっしゃって、コンピュータの環境が変わってきました。ワークステーションがVMS VAXからSUN MicrosystemsのSun Sparc Stationに置き換わり、SUNの上でGCGが実行されるようになりました。そのプレハブの2階にはSUN以外にもいくつかのシステムが導入され、その中にSilicon Graphics社のIRISコンピュータというものがありました。そのIRIS上でQuantaというソフトウェアでは分子モデルを画面上に表示して、目で見ていろいろなことを考えることができました。それから二十数年コンピュータの進化は著しく、当時高額なワークステーションでしか実施できなかったような、分子モデルやドッキングが普通のパソコンでも実用的な時間内にできるようにっています。ということで、分子モデルの表示のプロセスの一部を忘備録として記載です。

  1. 使用するソフトウェアはSwiss-Pdb Viewerというフリーウェアで、開発にはGSK社の研究者らがかかわっていたと記憶しています。まずは、これを起動するとクレジットを表示する画面が現れます。この画面をクリックして先に進みます。
  2. メニューバーの <File> – <Open PDB File> から、目的のPDBファイルをロードします。データが取り込まれると、次のような画面になります。(設定によって、違う雰囲気の画面になることもあります。) 大画面のディスプレーにつないでいるときは1280×1024くらいのサイズで作業します。
  3. 分子サーフェスを見せたいので、<Tool> – <Surface> – <Compute> とします。計算されがサーフェスは設定していないと見えないので、計算が完了しても画面上は変化しないこともありますし、気持ちの悪い色のモコモコしたものが表示されることもあります。
  4. コントロールパネルの右上のcol BS (他のものになっていることもあります)の下向き三角形をクリックすると選択画面が現れますので、<molecular surface> を選びます。
  5. 上のcontrol panelの中で青くなっている■をクリックして、好きな色に変更します。図では、灰色にしたところです。すると、分子表面の色も灰色になりました。
  6. アミノ酸残基ごとに好きな色に変更できます。私は、チェーンごとに色分けする事が多いです。荷電(陽性・陰性)を計算して色分けしてみたりもします(←コレで着想を得たこともあります)
  7. 出来上がったモデルをレンダリング用のファイルに書き出します。<File> – <Save> – <Povray scene>
  8. Povray で好きなバックグラウンドに浮かせて照明をあてて、好きな角度にカメラを置いてレイトレーシングすれば素敵な画になります。

 

Nivolumab and EGFR-TKI

EGFR-TKI  と Nivolumabの分子の立体構造を掲載しました。

EGFR-チロシンリン酸化酵素阻害薬の一つであるgefitinibと内皮成長因子受容体(EGFR)のキナーゼドメインの立体構造を、公開データベースであるPDBより入手し(PDB# 3UG2)、 その構造を表示しました。

免疫チェックポイント阻害薬であるPD-1阻害薬の一つであるnivolumabのheavy chain およびlight chainのFabドメインと、その標的分子であるprogrammed cell death protein-1 (PD-1) の立体構造を、PDBより入手し(PDB# 5WT9)、その構造を表示しました。

galaxy.inc

povrayのgalaxy.incファイルを探してみたけど、以前ダウンロードしたサイトが閉鎖されていてなぜかダウンロードできない。ということで、自分のハードディスクを検索。最新版ではないかもしれないけど、ファイルが見つかりました。今度は、なくさないようにgoogle driveに保管しました。(元々誰でもダウンロードできるようなサイトに掲載されていたけど、コピーライトはオリジナルの製作者が保持していて、再配布していいかよくわからないので、私のgoogle driveは非公開です。)

Hello world!

wordpressでHome Pageを作るにあたって、相当苦労したから、その苦労の一部を…

MySQL 5.7 root権限なしにインストール、というのが苦労でした。root権限を使ってのインストールガイドばかりで、root権限なしのインストールの情報になかなか行き着かず、苦労でした。それじゃ、自分はというと具体的になにしたかを記録してなくてorz..で、自分でコンパイルしなさい、とサーバーの説明書には書いてあったけど、出来合いのGeneric Linux 64bit用をアップロードしたものが使用できました。覚えている方針は、ファイルの保管場所を、自分のユーザーディレクトリの下にまとめるように、これにつきます(たぶん)。Web各所の説明には、root 権限有の場合mysqlとかいうlinux上のユーザーを登場させるようになっていますが、mysqlとかいうlinuxユーザーなしに設定しました。(その権限がないんですから)

mysqld daemonが立ち上がった後に、最後にはまったのが、これ
→ Error Establishing a Database Connection in WordPress

define(‘DB_HOST’, ‘localhost‘); → define(‘DB_HOST’, ‘127.0.0.1:8889‘);

sshで接続する際には’wpuser’@’localhost’でもmysqlが立ち上がるのに、wp-config.phpでは’localhost’でなく、’127.0.0.1:port#’で接続できました。ヤレヤレ、ということで、このページが世に送信されることになったのでした。