進行性多巣性白質脳症
乏突起膠細胞や星状膠細胞の核内にウイルス粒子の集簇による好塩基性封入体として確認される。
通常の乏突起膠細胞の核の大きさに比べ、核は腫大し、奇異な形態をとる。
JC virusのVP1は核内に、agnoproteinは細胞質内に存在。
JC virusのin situ hybridizationでも virus の存在を証明できる。
PMLを発症していないヒトの腎より採取したJC virusの調節領域シークエンス（Archetype）では、TATA boxの下流にPenta配列が存在し、Domain A、Domain Bと続く。
PMLを発症している症例の中枢神経系より採取したJC virusでは、Domain B領域の欠失とPenta + Domain A領域の複数繰り返し配列する等、種々の変異を認める。