ヘマトキシリンエオジン（H&E）染色

細胞質はエオジン好性（好酸性）に赤く、核、核小体、ニッスル小体はヘマトキシリン好性（好塩基性）に青く染まる。

ニッスル染色

粗面小胞体であるニッスル小体を、色素のクレシル紫で紫色に染色。

銀染色

Bodian染色：神経細胞体、軸索を茶褐色に染色。異常線維成分などで構成される構造物も染色。

methenamin Bodian染色：老人斑のアミロイド成分を明瞭に可視化する染色。

Bielschowsky染色：神経線維を明瞭に染色。

Gallyas-Braak染色：異常タウ蛋白やαシヌクレインを組成の一部とする蓄積物や病的構造物を特異的に染色。

PTAH

PTAH (phosphotungstic acid hematoxylin)：血栓の線維素成分やグリア線維を青～青紫に染色。

ホルツァー染色

Holzer：アストロサイトの線維成分をクリスタル紫で紫色に染色。線維性グリオーシスの確認。

ルクソールファスト青染色

luxol fast blue：髄鞘の主成分である燐脂質をルクソールファスト青色素で青く染色。白質の同定。脂質蓄積症でも有用。

KB染色

Klüver-Barrera (luxol fast blue, Nissl)：Luxol fast blueとNissl染色の二重染色。

PAS

Periodic acid Schiff：糖質を検出。グリコーゲン、代謝異常症による蓄積物質、粘液、真菌を赤に染色。燐脂質、糖脂質も赤～赤紫に染色（パラフィンおよびエポン包埋標本でも染色可能）。

コンゴ赤染色

Congo red (Dylon)：老人斑やアミロイドアンギオパチーなど蓄積したアミロイドを赤に染色。

ズダンIII染色

SudanIII染色：グリセリド、燐脂質、糖脂質、脂肪酸を赤～黄赤に染色。

オイルレッドO染色

Oil red O染色：グリセリド、燐脂質、糖脂質、脂肪酸を赤～赤オレンジに染色。

ズダンブラックB染色

Sudan black B染色：グリセリド、燐脂質、糖脂質、脂肪酸を黒に染色。

マッソントリクローム染色

Masson trichrome：膠原繊維を青に染色。血管壁の硝子化、線維素などを赤に染色。

エラスチカ・ワンギーソン染色

Elastica Van Gieson：弾性線維を黒～黒紫色に染色。動脈の同定によく使用される。

ベルリンブルー染色

Berlin blue染色：3価鉄イオンを青に染色。

コッサ染色

Kossa染色：カルシウムを黒に染色。

トルイジンブルー染色

Toluidine blue染色：エポン包埋標本染色に使用する。異染性白質ジストロフィーでは蓄積物の染色性が本来の青の染色性ではなく、赤～褐色に染色される。

免疫組織化学

ubiquitin

tau

α-synuclein

TDP43

polyglutamin