遺伝カウンセリングを受けるときは費用がかかります。その費用は、ほとんどの場合自由診療(保険がきかない診療)で、病院によって料金設定が異なります。同じ病院でも初診か再診か、どのくらいの時間がかかったかで変わることもあります。1回の受診で5,000〜10,000円かかることが多いようです。遺伝カウンセリングを受けようとしている病院に事前にお問合せください。なお、遺伝カウンセリングを受けて何かの検査をする場合には、受けた検査の費用は別途かかります。

例外として、保険適用の遺伝学的検査を行った後でその結果について患者や家族に対して遺伝カウンセリングが行われた場合には、遺伝カウンセリング加算として1,000点（3割負担では3,000円）が加算されます（患者1人につき月1回限り）。ただし、保険適用の遺伝学的検査を実施できる病院は厚生労働省が定めている条件を満たし届け出ている医療機関に限られます。どこの病院でも遺伝学的検査や遺伝カウンセリングが保険で受けられるわけではないことに注意が必要です。