日本では、大学病院、小児専門病院やがんセンターなどの公立の高度医療機関などに“遺伝子診療部”や”臨床遺伝科”などがあり、その部門の臨床遺伝専門医や認定遺伝カウンセラー^®（CGC）が中心になって遺伝カウンセリングを行っています。遺伝カウンセリング実施施設とその医療機関で対応可能な領域は、全国遺伝子医療部門連絡会議の【遺伝子医療実施施設検索システム】で確認することができます。
全国遺伝子医療部門連絡会議に加盟していない医療機関—例えば生殖医療専門クリニックの中にも遺伝カウンセリングを実施している医療機関があります。