SCALA+

SCALA+

SCALA+ は、シングルセル次世代シークエンシングデータをマルチモーダルに解析するための R/Shiny ウェブアプリケーションです。Biomedical Sciences Research Center “Alexander Fleming” で開発された SCALA をもとに、2023年から当研究室で改変・拡張してきました。Seurat v5 に完全対応し、多くの解析機能を追加しています。

追加した主な機能

• データ入力: h5ad (AnnData)、CellBender h5、qs/qs2 ファイルの読み込み
• 空間トランスクリプトーム: Visium データの読み込みと解析、BANKSY による空間情報を考慮したクラスタリング
• 品質管理: サンプルの demultiplexing（hashDemux、demuxmix、deMULTIplex2）、DropletQC、CellBender remove-background、scDblFinder によるダブレット検出
• バッチ補正・統合: Harmony、Scanorama、FastMNN、SCTransform、Seurat v5 IntegrateLayers（CCA、RPCA、Joint PCA）
• クラスタリング: Leiden 法（Louvain 法から変更）
• 発現解析: マーカー同定とは独立した DEG 解析、Pseudobulk 解析、遺伝子セットスコア（UCell、GSDensity）
• 細胞間・軌跡解析: CellChat、Velocyto による RNA velocity

全面的に書き直した機能

• SCENIC / pySCENIC: 遺伝子制御ネットワーク解析
• NicheNet: リガンド–受容体解析（v2 データベース対応）
• Slingshot: 軌跡解析

利用開始

インストール方法や基本的な使い方は、元の SCALA リポジトリ をご覧ください。SCALA+ のコードは GitHub で公開しています：

GitHub: Manabe-lab/SCALAplus

引用

SCALA+ を使用した場合は、元の SCALA の論文を引用してください：

Tzaferis C, Karatzas E, Baltoumas FA, Pavlopoulos GA, Kollias G, Konstantopoulos D. SCALA: A web application for multimodal analysis of single cell next generation sequencing data. Comput Struct Biotechnol J 2023. doi:10.1016/j.csbj.2023.10.032

SCALA+ は GNU General Public License v3.0 のもとで公開しています。